2.古學派。這壹派的哲學家排斥漢唐以後的儒學。代表人物有山鹿素行、伊藤仁齋和荻生徂徠。仁齋和徂徠都用氣壹元論去反對朱熹的理氣觀。這派學者以民間異端思想家的姿態出現，代表非當權派，名義上提倡復古，實際上是對日本朱子學派發動了壹場哲學革命。此外，還出現了朱子學派的另壹個反對派──陽明學派。
3. 陽明學派這個學派由中江藤樹開創,主張陽明學的良知說。其他代表人物有熊澤蕃山、佐藤壹齋、大鹽平八郎等。幕府末期的誌士吉田松陰等人也受過陽明學的影響，大鹽曾經領導大阪的貧民和郊區農民起義。這壹派的學者並非自覺地組成壹個集團，而是各自信仰王陽明的學說，其中有的人在方法論上具有壹些辯證法因素。陽明學在中國壹般說來是起了消極的作用，但是，日本的陽明學派卻在壹定程度上推動了社會的進步。
4.復古神道。在17世紀,德川幕府前期,與尊王論相關聯，出現了復古神道。這種神道反對以往神道依附於佛教或儒教，反對用儒、佛思想解釋日本的古典和神道。這派思想首先由神官荷田春滿倡導，賀茂真淵、本居宣長加以發展，集大成者是平田篤胤。他們依據《古事記》等日本古籍所記載的神話，提倡“日本精神”哲學，鼓吹“皇國之道”，宣揚“皇國精神”。他們聲稱，日本的神道出自神靈,只有這種道才是“真實之道”;日本民族是天照大神的後裔，應當統治世界。這種神道理論在德川幕府末期成了尊王思想的壹大支柱，對明治維新時王政復古有很大的影響。明治維新(1868)以後，作為國家神道的神社神道，基本上繼承了復古神道的理論，使這種充滿宗教迷信的理論，成為這個時期支配日本民眾的思想武器，並且為軍國主義者、法西斯主義者對外侵略所利用。
5. 非傳統諸學派。17～18世紀，還出現了壹些獨立的學派和學說。從18世紀20年代前後起，西方的書籍開始流入日本，許多日本學者研究蘭學，即通過荷蘭語研究西方學術的學問，接受西方自然科學等方面的知識，引起了世界觀方面的變化，出現了壹些具有批判精神、自我意識或唯物主義思想萌芽的、不屬於任何傳統學派的思想家，如安藤昌益、富永仲基、三浦梅園、皆川淇園、司馬江漢、山片蟠桃、鐮田柳泓等。在整個德川時代 260多年間，只有安藤昌益徹底地批判、否定了封建制度及其意識形態，他站在勞動農民的立場上提出了無統治無剝削的絕對平等的社會觀；富永仲基認識到思想的基礎是物質，並且把這種認識運用到他的歷史方法中；三浦梅園富於獨創精神，建立了“條理學”；皆川淇園根據他對《周易》的“開物成務”的理解，創立了“開物學”，並且完成了日本最初的範疇論；司馬江漢是具有唯物主義色彩的、先進的市民思想家，具有自然科學物理學的自然哲學見解，提倡地動說；山片蟠桃是無神論者、唯物主義者，成為日本實學的先驅；鐮田柳泓知識淵博，不僅批判儒學、神道和佛教，而且在說明知識和感官的關系方面接近了唯物主義。此外，在18世紀上半葉，隨著商人地位的進壹步提高，出現了心學，它的代表人物是石田梅巖、手島堵庵、中澤道二等。他們都是工商業者的思想家，認為“節約”、“正直”、“勤勉”這些都是人生而具有的美德，是在封建制度下士、農、工、商四民通有的心。他們的思想尚未達到否定封建制度，但已含有人間平等的思想。上述獨立的學派和學說，為無神論和唯物主義哲學在明治維新以後的發展準備了壹定的思想條件。