全祖望和李紱都是清代的大學者。雍正年間開三禮館，全、李二人供職翰林院，得以接觸《永樂大典》。他們在《永樂大典》中看到許多世上未見之書，驚呼為“宇宙之鴻寶”。兩人壹商量，覺得應該先把想見而不可得的書籍輯錄出來。全祖望寫了《抄永樂大典記》，認為最需要輯錄的有五類書，就是經、史、誌乘、氏族、藝文。從此，兩人每天看20卷，把想輯錄的書名簽出，再由另外四人抄寫。就這樣每天爬梳，整理出王安石《周官新義》、高氏《春秋義宗》等十多種書籍。可是卷帙浩繁的《永樂大典》兩個人怎麽能看過壹遍呢？長期的輯佚工作讓兩人感到身心疲憊。第二年全祖望罷官回鄉，輯佚工作只好作罷。但全、李二人的輯佚成果卻引起了學者們的普遍關註，為以後《四庫全書》館臣系統輯佚《永樂大典》奠定了基礎。
清代乾隆皇帝很想比肩中原皇帝，想做壹番大事。康熙、雍正朝曾纂修過壹部大型類書《古今圖書集成》，乾隆皇帝對這種類書的體例很不以為然，他說，類書雖然能夠兼收並錄，極方策大觀，但“因類取裁”的方法使得人們無法看到書籍的全貌，溯其源流，征其來處。他要做前人未做之事，修纂壹部大型叢書──《四庫全書》，以補類書的缺失。還把藏《四庫全書》的閣名用淵、源、津、溯來命名，凸顯他的這部書才真正能夠“溯其源流”。這時，安徽學政朱筠和四庫總裁於敏中都建議乾隆皇帝輯佚《永樂大典》中的大量散佚古籍，得到了乾隆皇帝的重視。在開四庫全書館之初，他連頒兩道聖旨，下令輯佚、匯訂《永樂大典》中的古書善本。
乾隆三十八年，四庫全書館校勘《永樂大典》，參加輯佚的有當時著名學者戴震、邵晉涵、周永年等***39人。其中，周永年在宋、元人詩文集上用力最勤。邵晉涵輯《舊五代史》、《九國誌》，戴震輯《算經》，也各有所成。到乾隆四十六年（1781年），輯出經、史、子、集四部書***385種、4946卷。著名的有後來被列入二十四史的《舊五代史》、記載南宋初年史實的重要著作《建炎以來系年要錄》、查考唐人世系的《元和姓纂》、目錄學名著《直齋書錄解題》和西晉杜預的《春秋釋例》等。至於宋元人的詩文集更達到了175種，許多失傳的重要典籍都通過這次輯佚恢復了原貌。
但乾隆皇帝與永樂皇帝不同，沒有兼收並蓄的胸懷，加之滿清定鼎中原剛剛百年，對宋、明人指斥謾罵北方少數民族的言辭十分忌諱。所以在輯佚中堅持儒家正統觀念，認為“菁華已盡，糟粕可棄”，凡佛道、戲曲、小說等概不輯錄，對於牽涉違礙的言辭也毫不留情面，壹概刪去。有些科技方面的著作，如鄧禦夫的《農歷》200卷詳細程度超過《齊民要術》，還有些軍事方面的發明為怕洋人學去，也都丟掉，不加采錄。甚至已經輯佚出的散片如《兼金合璧》、《晉史揮塵》等，或簽出的典籍《元壹統誌》等重要的方誌類書籍，都棄置不顧，所以，這次系統輯佚古書工作留下了永遠不可彌補的遺憾。
據文津閣藏本，所謂的《四庫全書》***收錄古籍3503種、79337卷、裝訂成三萬六千余冊。但是，凡是被滿清統治者認為不符合他們觀點的著作，均不能抄入《四庫全書》，均被刪減掉了，可惜，這類著作***有6793種、93551卷，比收入《四庫全書》的著作多出將近壹倍。因此常常被人詬病為明為修書實為毀書，為了控制民間反對異族統治的言論，而實行毀書達到以愚黔首的目的。
四庫館對《永樂大典》進行系統輯佚後，嘉慶間纂修《全唐文》和《大清壹統誌》時都曾用過《大典》中的史料。不過貢獻最大的是徐松的輯佚工作，他輯佚的《宋會要》500卷、《宋中興禮書》、《續中興禮書》、《元河南誌》等都是超過100卷的大書。以後文廷式輯錄過《元高麗記事》、《宋狀元及第圖》等，繆荃孫輯錄過《明瀘州誌》、《明永樂順天府誌》，董康輯錄過《憲臺通記》，不過規模都要小多了。 中國國家圖書館的前身是清學部所轄京師圖書館，民國間改稱國立北平圖書館，1949年後稱北京圖書館。中國國家圖書館誕生之初就擔負起國家圖書館職責，保存並收集《永樂大典》等珍貴文獻。經過90年的努力采集、國家調撥和各界捐贈，收藏的《永樂大典》原本達到221冊，現存《大典》的膠卷也基本收集齊全。國內的《大典》除上海圖書館和四川大學圖書館各有壹冊外，其他都集中存放在國家圖書館的善本書庫中。
京師圖書館籌建之初，經學部提議將翰林院殘存的《永樂大典》移交京師圖書館庋藏。1912年，民國政府成立，在教育部社會教育司第壹科科長周樹人建議和努力下，教育部咨請國務院，將翰林院所存《永樂大典》殘本64冊送歸教育部，其中60冊交由京師圖書館儲藏，這是國家圖書館入藏的第壹批《永樂大典》。京師圖書館更名為國立北平圖書館後，對《永樂大典》的收集更是不遺余力。副館長袁同禮和考訂組組長趙萬裏等人都付出了巨大的努力。到1934年，館藏《大典》已達93冊。 1949年，中華人民***和國成立。1951年，當時與中國友好的蘇聯把列寧格勒大學東方系收藏的11冊《大典》贈還中國政府。文化部接受後即撥交北京圖書館收藏，並和北圖聯合舉辦了壹次展覽，宣傳《大典》的價值及其慘遭劫掠的遭遇。展覽極大地激發了各界群眾的愛國熱情。壹些愛國人士和藏書單位紛紛向國家捐獻了自己收藏的《永樂大典》。
1951年8月20日，著名藏書家周叔弢率先將家藏的壹冊《永樂大典》無償捐獻給國家並致信北圖：“珠還合浦，化私為公，此亦中國人民應盡之天責也。”隨後趙元方也將家藏的壹冊《永樂大典》捐贈出來。更令人感動的是在張元濟的倡議下，商務印書館董事會壹致通過將商務印書館所屬東方圖書館所藏21冊《永樂大典》贈送北圖。此後，北京大學、廣東文管會，以及張季薌、金梁、徐伯郊、陳李藹如等紛紛捐獻了自己收藏的***11冊《永樂大典》。
值得壹提的是，在五、六十年代國家經濟困難的情況下，周恩來總理對文物收藏極為關註，特批專款從香港藏書家陳清華手中購回壹批珍貴古籍，其中就有4冊《永樂大典》。 中華人民***和國自成立之初就和當時同屬於社會主義國家的蘇聯交涉歸還《永樂大典》的事宜，得到了蘇聯政府的支援。1951年，蘇聯把列寧格勒大學東方系收藏的11冊《大典》贈還中國政府。文化部接受後即撥交北京圖書館收藏。這在當時是壹件大事，因為這些《永樂大典》過去是被當作戰利品從大連的滿鐵圖書館運到蘇聯去的。如今蘇聯政府無償歸還這些珍貴文物，對百年來飽受外國侵略和戰爭蹂躪的中國人民來說是壹件非常振奮的事，也為國家間的平等交往樹立了典範。中國和蘇聯的各大報紙對此事進行了大量報道。
繼這次贈還《永樂大典》後，其他社會主義國家的藏書機構也紛紛贈還藏書；此外，德意誌民主***和國贈還3冊，蘇聯國立列寧圖書館贈還52冊，蘇聯科學院也通過中國科學院圖書館移贈1冊。這樣67冊遠離故國的《永樂大典》終於回到了祖國懷抱。 《永樂大典》在收集過程中還有壹段富有傳奇色彩的故事。1983年，山東掖縣農民孫洪林在偶然看壹幅掛歷上印的珍貴古籍圖片時，發現過去自己家中有壹冊與《永樂大典》很相似的書，因為不知道是書名，家中就用它來夾鞋樣和剪紙，而且剪掉了書中天頭地腳沒有字的部分。由於有從祖上因襲的敬惜字紙的傳統，有字的地方都保存下來了。孫洪林把這個情況告訴了掖縣文化館，並要求北京圖書館派人來鑒定。經過專家鑒定，這冊書無疑就是《永樂大典》的“門”字韻。孫家將這部幸運的《永樂大典》捐贈給國家。北圖在收到此書後即由專業修復人員做了復原。這冊流落在外多年的典籍終於與其他《大典》聚合了。