在矩陣中生活的壹名年輕的網絡黑客尼奧(基努·裏維斯）發現,看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制著，尼奧便在網絡上調查此事。而在現實中生活的人類反抗組織的船長莫菲斯(勞倫斯·菲什伯恩)，也壹直在矩陣中尋找傳說的救世主,就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂(凱莉·安·摩絲)的指引下,兩人見面了,尼奧也在莫菲斯的指引下,回到了真正的現實中,逃離了矩陣,這才了解到,原來他壹直活在虛擬世界當中,真正的歷史是,在20XX年,人類發明了AI(人工智能),然後機械人叛變,與人類爆發戰爭,人類節節敗退,迫不得已的情況下,把整個天空布滿了烏雲,以切斷機械人的能源(太陽能),誰知機械人又開發出了新的能源---生物能源,就是利用基因工程,人工制造人類,然後把他們接上矩陣,讓他們在虛擬世界中生存,以獲得多余的能量,尼奧就是其中壹個.尼奧知道後,也加入了人類反抗組織,在莫菲斯訓練下,漸漸成為了壹名厲害的"黑客",並漸漸展露出,與其他黑客的不同之處,讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主,就在這個時候,人類反抗組織出現了叛徒,莫菲斯被捕,尼奧救出了莫菲斯,但在逃跑過程中,被矩陣的"殺毒軟件"特工殺死, 結果反而讓尼奧得到了新的力量,並復活了,真正的成為了救世主,並把在矩陣無所不能的特工殺死了(刪除了)
從此,人類與機械的戰爭,進入了壹個新的時代
◆ 黑客帝國2：重裝上陣 上回說到尼奧終於意識到自己的能力和使命，在中彈“復活”的同時，他也變成了無所不能“救世主”。結尾的“飛升”象征著人類超級英雄的誕生：尼奧將帶領錫安基地的人民，打響對機器世界的反擊戰，並將以勝利者的姿態結束這場戰鬥，還人類以自由之身。他的使命會實現嗎？母體會那麽甘心被摧毀嗎？
實際上，整個《重裝上陣》是尼奧探尋自己使命背後真相的過程，他要為自己的行動尋找壹個可以接受的理由。在上集打敗密探史密斯、救出墨菲斯之後，尼奧隨同親密愛人崔尼蒂和其他戰友壹起，乘坐Nebuchadnezzar號飛船返回地球上最後壹個人類據點——錫安基地。在那裏，他們和其他自由戰士們聚集到了壹起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奧比美眉。另外，基地的政治家們也上場了。
就在這時，母體系統決定“先下手為強”，派遣了為數250000的電子烏賊大軍，開始進攻錫安基地，微弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團，看來人類最後的香火也岌岌可危；當然，墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料，自然少不了中國那幾本名為《左傳》《史記》之類古籍的電子版本，尼奧他們壹下便想到了“圍魏救趙”的良招，決定再次潛入母體，從內部破壞它，最後達到消滅機甲兵團的目的。同時，尼奧也想再和“先知”談壹談，以便更多地了解自己的神聖使命。
可是，“母體取經”的道路註定是兇險多端的：在尋找母體系統內唯壹知道系統弱點的“制鑰者”的過程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困難：敵人的能力升級了，數量更是增多了，尼奧的超能力受到致命的挑戰，墨菲斯和翠尼蒂對NEO的信心也受到無情事實的打擊。究竟尼奧他們能不能完成任務後從母體內部全身而退？錫安基地的命運如何？
◆ 《黑客帝國3最後戰役》簡介:
面對如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決壹死戰。此時，"救世主"尼奧的身體和思想卻意外分離，後者再度陷入到"母體"中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到"母體"和守護天使壹起尋找他。
錫安的局勢越來越危險，機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧，依然想通過希望去實現預言。這時，特工史密斯控制了先知，並變得越來越強大，威脅到了整個"母體"的穩定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧來到機器城市。
在和機器的談判中，機器答應為了人類和機器的***同利益，尼奧去消滅史密斯，而機器不再摧毀錫安。人類迎來新的和平。
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