校史博物館建在南京大學老圖書館（原金陵大學圖書館）內，使用面積1400平方米，展區面積約1000平方米。原中央大學校長、百歲老人顧毓琇為校史博物館題寫了館名。校史博物館分“百年校史”、“今日南大”、“百年英才”、“多媒體演示”及“禮品廳”等五個展區。分別展出了南京大學歷史上不同時期形成的1600多幅照片、700多件史料、實物、模型，近百部錄像及海內外校友為南大百年慶典捐贈的禮品和題字200多件。