早在上古時代，人類祖先就在曲阜壹帶生息勞作，開拓了早期的物質文明，文物發掘中發現大量公元前孔子故裏·中國曲阜4300--前2400年間的"大汶口文化"和'龍山文化'遺跡。
據古籍記載，在四、五千年前，這裏即是炎帝神農氏營都聚居的"大庭氏之墟"。
大約公元前二十七世紀末葉，中華民族的'人文初祖軒轅黃帝誕生於曲阜壽丘。
繼黃帝之後，少昊曾在曲阜營建都城。
相傳少昊在位84歲，壽百歲，崩葬曲阜城東北壽丘雲陽山，與二帝三王(堯、舜、禹、湯、文武)、周公、孔子並稱萬世享祀。
中國古史相傳的"三皇五帝"中，有四人曾在曲阜留下了活動的蹤跡，開創了發達的古代文明。
公元前二十壹世紀前後，曲阜屬上古堯舜時代九州之壹的徐州。
公元前十六世紀後的商代，曲阜為奄國國都，並壹度成為商王朝的都城。
公元前1066年，西周武王伐紂滅商，武王將其胞弟、王國宰輔周公旦封於故奄地曲阜，立國為"魯"。
公元前249年楚國滅魯，始設魯縣，596年初定縣名為曲阜。
秦始皇二十四年(公元前223年)，秦滅楚，魯縣入於秦。
秦始皇二十六年(公元前221年)統壹中國，始實行郡縣制，魯為薛郡，郡治在曲阜。
漢景帝三年(公元前154年)，帝劉啟改封皇子、淮南王劉余為魯王，以魯縣為國都。
隋文帝開皇四年(584年)，詔改魯縣為"汶陽"，自魯國滅亡改為魯縣，至是年止，曲阜以"魯"為縣名，歷時長達833年。
隋開皇十六年(598年)，詔改縣名為"曲阜"，"曲阜"壹名，壹直沿用至今。
宋真宗時曾改名為仙源縣。
仙源縣城是曲阜有史以來繼周、漢魯城之後的第三座古城。
宋高宗建炎二年(1129年)，金兵南下，仙源縣入金朝，恢復曲阜縣舊名。
明正德六年(1511年)，河北劉六、劉七率領的農民起義軍"破曲阜、焚官寺民居數百，縣治為墟"。
明武宗朱厚照詔令山東巡撫於魯故城西南隅以孔廟為中心重築新城，即現存明故城。
清代，曲阜地方建制與明代基本相同。
民國十七年(1928年)，直接隸屬山東省。
民國二十九年(1940年)，屬兗濟道。
民國三十四年(1945年)，與泗水並成為曲泗縣。
民國三十五年(1946年)，曲泗分治。
民國三十七年(1948年)，隸屬魯中南行政區第四專區，後改稱尼山專區和滕縣專區。
同年，曲阜解放。
新中國成立後:1953年，曲阜改屬濟寧專署。
1958年，與滋陽合並，仍命名曲阜縣。
1962年，曲、滋分治，恢復原建制。
1983年，濟寧專署改為省轄市，曲阜仍隸屬濟寧市。
1986年6月，改為縣級市，始稱曲阜市，屬濟寧市代管。
2000年12月，撤銷曲阜鎮，以原曲阜鎮的行政區域設立魯城街道辦事處，機關駐原曲阜鎮人民 *** 駐地;撤銷書院鎮，以原書院鎮的行政區域設立書院街道辦事處，機關駐原書院鎮人民 *** 駐地;撤銷尼山鄉，將其行政區域並入南辛鎮。