呂祖謙著有《東萊集》（《東萊呂太史文集》）四十卷傳世，另有《古周易》1卷、《書說》35卷、《呂氏家塾讀詩記》32卷、《春秋左氏傳說》20卷、《春秋左氏續說》12卷、《東漢精華》14卷、《麗澤論說集錄》10卷、《歷代制度詳說》12卷、《古文關鍵》2卷 、《近思錄》、《易說》、《周易音義》、《周易系辭精義》、《東萊書說》二種、《東萊博議》、《大事記》、《呂氏唐鑒音註》等。《四庫全書·兩宋名賢小集》錄其詩壹卷，《全宋詩》亦錄有其詩。