除上述故事外，其他史書對晁生平事跡的記載很少。然而幸運的是，他給後人留下了壹本書《病因學》。晁在隋大業推廣太乙大夫期間，主持編纂了《諸病證通論》，簡稱《諸病證論》、《病源在巢》、《病證論》。全書50卷，內容包括內外病、婦女、兒童、五官、口腔、牙齒、骨傷等。詳細介紹了各種疾病的原因和癥狀，並討論了疾病的診斷和預後。本書系統總結了隋朝以前的醫學成就。也是中國醫學史上第壹部由朝廷集體撰寫的醫學理論著作。
晁通過《病因論》為後人留下了豐富的醫學經驗。他對多種疾病病因的認識已經詳細論述了很久，對多種疾病的臨床診斷也有自己獨特的見解。本書主要討論病因和癥狀。根據疾病的分類，在每壹類疾病下，還論述了疾病的概念、病因、病機、證候，包括病證原理的解釋和癥狀的描述，具有較高的水平。同時，他還發展了中醫病因學理論，提出“脾氣暴躁”是傳染病的致病因素。並提出提前服藥預防流行性感染，現代醫學稱之為“預防”。《傷寒論》提出疥瘡與疥瘡感染有關，是基於對晁家深入細致的田野調查而得出的科學論斷。比起以前認為疥瘡是“濕邪”引起的，是壹大進步。關於夜盲癥，晁發現，這種病像麻雀壹樣，白天能看得清楚，晚上卻什麽也看不見。這種描述已經被當前的科學實踐證明是完全科學和正確的。在對痢疾的認識中，有赤白痢、膿痢、熱痢、雜痢、息痢等二十種。在對結核病的認識中，不僅有葛洪對這種疾病的看法，還有具體的名稱，如“勞損”、“骨蒸”等，至今仍在中醫中使用。對寄生蟲的鑒別也有自己的看法，能準確描述其病源。
各種病源學說也對惡性疾病的癥狀進行了詳細而準確的描述。通過長期的臨床觀察，晁氏家族深刻了解各種疾病的具體表現。據記載，糖尿病與現代醫學中的糖尿病非常接近。
《病因癥候論》雖為專著，但在婦產科、外科等其他方面也有記載。在婦產科，首次提出了人工流產的適應癥，並提出了壹些建議，如“如果婦女懷孕後身體瘦弱或患病，不能養育胎兒，對孕婦身體有害，可考慮摘除胎兒”。這種論調保護了女性的健康，無疑對女性低下的社會地位起到了積極的推動作用。在手術中，有詳細的腸線縫合手術記錄。這不僅表明中國醫學在1400年前就可以進行這樣的手術，而且也表明了晁自己在外科手術方面的成就。
晁在醫學上有很深的造詣，在中醫病因、病理、診斷等方面都做出了很大的貢獻。沒有實事求是，沒有深入細致的調查研究，沒有獻身科學的精神，就不可能取得這些成就。他的《病因學與癥狀論》是中國現存的第壹部病因學與癥狀學專著。對隋朝以後醫學的發展產生了很大的影響，為我國醫學的發展做出了突出的貢獻，受到歷代醫家的高度贊揚。