丘處機和成吉思汗曾經有過壹次永載史冊的會面。蒙古興起初年，道教在中國北方也曾經聲名大振，全真七子頗受蒙元朝廷扶持。但是好景不長，忽必烈建立元朝之後，開始打壓道教。
忽必烈為什麽要打壓道教？原因與他的伯父窩闊臺有關。忽必烈是成吉思汗第四子拖雷的兒子，窩闊臺是成吉思汗第三子，拖雷與窩闊臺曾因爭奪汗位而不和。
後來，忽必烈自立為汗時，窩闊臺的後裔不服，不承認忽必烈的汗位，屢次在西北反叛。由於窩闊臺壹系的蒙元貴族始終尊崇道教，忽必烈就把道教視為窩闊臺系舊黨，倍加猜忌。
再到後來，燕京長春宮道士何巨川又上書阻止忽必烈伐宋，有好事者便趁機進讒言，說道教不與忽必烈壹條心，並誣告全真道過去仗著元太祖、元太宗之勢霸占佛寺四百八十余處。這壹狀告得非常刁鉆，給道教造成了滅頂之災。
南宋滅亡後後的第二年（至元十八年）忽必烈召開佛道辯論大會，佑佛抑道，在燕京築焚經臺，下令收繳焚毀道教經典。又命各地均築焚經臺，在全國範圍內收繳道經和印板銷毀。這就是元代歷史上有名的“至元焚經之禍”。
“至元焚經之禍”是中國歷史上道教最大的法難，而焚經之後蒙元統治集團也就改變了之前的宗教政策，中國古代的道教典籍經元代的這場大火之後大多殘缺不全。
這次對《道藏》的毀禁，執行非常徹底，人民不敢匿藏。造成了中國文化史上的空前大劫，永難彌補。
清朝是滿洲人入主中原，對漢人有壹定的歧視和顧忌。雖然沒有對《道藏》作過過激的毀損，但在精神上，打擊和壓制代表漢文化的道教，是不遺余力的，例如，把統理天下道教的張天師，從國師二品的地位貶為五品，品級不如壹個知府的地位。
清朝末年，好多個縣的道觀都被清政府改為佛寺。比如在臺灣，規定廟觀不可以有道教神像，好多漢族民眾為了保留道教，紛紛把道觀改成佛寺，以保留道教神像。經過滿清三百年的打壓，道教到現在都沒能完全回復元氣。
壹個民族的偉大在於文化，近代享譽海內外的壹代道教仙學宗師陳攖寧先生曾說過：“道教為中華民族精神之所寄托。切不可妄自菲薄，毀我珠玉。武力侵略我者，尚能用武力對付之；文化宗教侵略我者，則我之武力無所施其技矣。若不利用本國固有之文化宗教以相抵抗，將見數千年傳統之思想，壹朝喪其根基，終至失其信仰，禍患豈可勝言哉?”