《爾雅註》三卷。存。
按：據《四庫全書總目提要》有載：“南宋諸儒，大抵崇義理而疏考證，故樵以博洽傲睨壹時，遂至肆作聰明，詆諆毛鄭。其《詩辨妄》壹書，開數百年杜撰說經之捷徑，為通儒之所深非。惟作是書，乃通其所可通，闕其所不可通。文似簡略，而絕無穿鑿附會之失，於說《爾雅》家為善本。”鄭樵自序有雲：“樵酷愛其書，得其法度，今之所註，只得據《爾雅》意旨所在，因采經以為證，不可叛也。”此書有汲古閣津逮秘書本、學津討原本、侯官鄭氏己亥刊巾箱本，嘉慶間黔中刊本，鄭垣刊大字本及《四庫全書》抄本。
《詩傳》二十卷。
《詩辨妄》六卷。存。
按：本書所謂辨妄者專辨毛詩三妄。據《朱子語類》卷八十有雲：“《詩序》實不可信，向見鄭漁仲有《詩辨妄》、力詆《詩序》，其間言語太甚，以為皆是村野妄人所作。始疑之，後來仔細看壹二遍，因質之《史記》、《國語》，然後知《詩序》之果不足信。”原書已佚，顧頡剛有輯本。
《書辨訛》七卷。
按：《直齋書錄解題》載：“其目糾謬四，闕疑壹、復古二。凡七卷。”顧頡剛疑為《詩辨妄》之異名。
《詩名物誌》。
《運祀儀》。
按《上宰相書》作《運祀議》。
《器服圖》。
按：《獻皇帝書》記列入未成書。
《鄉飲禮》七卷。
按：《宋史藝文誌》有載“經·禮類”。
《鄉飲禮圖》三卷。
按：《宋史藝文誌》有載：“史·儀註類。”
《春秋考》十二卷。
按：《直齋書錄解題》載有：“《春秋傳》十二卷、《考》壹卷。”《宋史藝文誌》載有“十二卷。”《寄方禮部書》載有“二十卷”。
《春秋地名譜》十卷。
《春秋列國圖》或作《春秋地名圖》。
《名物註釋》
《象類書》十壹卷。
按：《文獻通考》雲鄭樵推王安石《字說余緒》，作《象類》之書，“□約而歸於六書，象形類六百八，指事類百七，會意類七百四十，轉註類三百七十二，諧聲類二萬壹千八百十，假借類五百九十八。”
《石鼓文考》三卷。
按：《直齋書錄解題》有雲：“其說以為石鼓出於秦，其文有與秦權合者。”《福建通誌》也載：“樵說證據甚確可從。”
《石鼓本經》。
按：《莆田縣誌》有記載，吳懷祺疑即為《石鼓文考》。
《續汗簡分陰之類》。
《字始連環》二卷。
《書考》六卷。
按：《獻帝書》載有“經旨類。”《宋誌》載有“小學類。”
《梵書》三卷；《論梵書》壹卷，有的版本為三卷（此或為同壹書。據考證，《論梵書》可能即《通誌-六書略》中的《論華梵》上中下）。
《六書證編》。
《音譜釋文》。
《經緯韻》。
《六書譜》。
《通誌》二百卷。存。
按：據《四庫全書著作提要》有載：“通史之例，肇於司馬遷。故劉知幾《史通》述二體，則以《史記》、《漢書》***為壹體。述六家，則以《史記》、《漢書》別為兩家。以壹述壹代之事、壹總歷代之事也。其例綜括千古、歸壹家言。非學問足以該通，文章足以容鑄，則難以成書。梁武帝作《通史》六百二十卷，不久即已散佚。故後有作者，率莫敢措意於斯。樵負其淹博，乃綱羅舊籍，參以新意，撰為是編。凡帝紀十八卷、皇後列傳二卷、年譜四卷、略五十壹卷、列傳壹百二十五卷。其紀傳刪錄諸史，稍有移掇。”又有載：“其平生之精力，全帙之著華，惟在二十略而已。壹曰氏族、二曰六書、三曰七音、四曰天文、五曰地理、六曰都邑、七曰禮、八曰謚、九曰器服、十曰樂、十壹曰職官、十二曰選舉、十三曰刑法、十四曰食貨、十五曰藝文、十六曰校讎、十七曰圖譜、十八曰金石、十九曰災祥、二十曰草木昆蟲。其氏族、六書、七音、都邑、草木昆蟲、五略，為舊史之所無。”又有蓋宋人以義理相高，於考證之學，罕能留意。樵恃其該洽，睥睨壹世，諒無人起而難之。故高視闊步，不復詳檢。“清章學誠《文史通義》評有：“鄭樵生千載後，慨然有見古人著述之源，而知作者之旨，不以詞采為文，考據為學也。……若鄭氏《通誌》，卓識名理，獨見別裁，古人不能任其先聲，後世不能出其規範，雖事實無殊舊錄。”清梁啟超《飲冰室合集》有雲：“宋鄭樵生左（丘明）、司（馬遷）千歲之後，奮高掌，邁遠蹠，以作《通誌》，可謂豪傑之士也。”
按：《通誌》版本較多。有元至治二年（1322）刊本、明刊本、清武英殿刊本、鹹豐間崇仁謝氏仿武英殿版本、浙江書局本、《四庫全書》抄本及商務印刷館影印十通本。
《通誌略》五十二卷，存。
按：存世是單行本。有明陳家夔刊本、清乾隆刊本、嘉慶長洲彭氏刊本等。有即《通誌》的二十略。《四庫全書》作五十卷。
《通誌敘論》二卷。（或即《通誌總序》。二卷，未知其詳）。
《百川原委圖》。
《郡縣遷草誌》。
按：《獻帝書》入“本成之書。”《寄方書》有郡《縣改更》，或即此書。
《氏族圖》。
《姓氏論》。
《氏族源》。
《氏族誌》五十七卷。
按：《獻帝書》入“未成之書。”
《改姓錄》。
按：以上五類即所謂“譜系類五科書”。
《氏族韻》。
按：有《氏族源》、《氏族韻》等書。凡七十卷。
《集古系時錄》十卷。
《系地錄》十壹卷。
按：宋陳振孫《直齋書錄解題》雲：“大抵因集古之舊而詳考其時與地而系之，二書相為表裏。”
《謚法》三卷。
按：《直齋書錄解題》雲：“上卷序篇，中篇謚二篇，下卷後論四篇。”
《圖書誌》壹卷。
按：《直齋書錄解題》：“《誌者》，益述其著作之意。”
《夾漈書目》壹卷。
按：宋李俊甫《莆田比事》卷三有載：“鄭樵《夾漈書目》五十八部，五百九十余卷。”又按：《直齋書錄解題》即“鄭樵記其生平所著之書。”
《群書會記》三十六卷。
按：《直齋書錄解題》雲：“大抵記世間所有之書，非必其家皆有者。”
《校讎備論》。
《圖譜有無記》二卷。
《亡書備載》。
按：《獻帝書》入未成之書。
《書目正訛》
《求書闕記》七卷
按：《藝海珠塵》稱其作於紹興十七年。
《求書外紀》十卷
《刊謬正俗跋》八卷。
按：《玉海珠塵》入《小學類》。《宋誌》入“子·儒家類。”
《鶴頂方》二十四卷。
《本草外類》壹策五卷。
《食鑒》四卷
《本草成書》五策二十四卷。
《采治錄》
《畏惡錄》
《分野記》
《大象錄》
按：據《上宰相書》，此書與《分野記》為《天文誌》主要內容。
《補正王希明步天歌》
《慧星議》
《天文橫圖》
《十說》二卷。（壹作《集說》）。
按：《宋誌》記載：“子·雜家類。”
《集說》
按：《縣誌》載“小說類”。此書或與《十說》為壹書。
《該典》
《種果說核》。（清張琴《縣誌稿·藝文誌·雜家類》著錄）。
《系聲樂府》二十四卷。
按：《宋誌》有載為《系聲樂譜》。
《樂府譜序》
《諸書序略》或作《諸經略》。
《溪西文集》五十卷。（《莆陽比事》卷三即說《溪西文集》十五卷。）
《經旨類》（《莆陽比事》卷三有“《經旨類》七種。”）
《禮經奧旨》壹卷。存。
按：《四庫全書著作提要》卷二十五有：“舊本題宋鄭樵撰。考其文即《六經奧論》之壹卷也。《六經奧論》本危邦輔讬之鄭樵。此更偽中作偽，摘其壹卷，別立舊書名以炫世。曹溶漫收之《學海類編》中，失考甚矣。”
《六經奧論》六卷。存。
按：《四庫全書著作提要》有載：“舊本題宋鄭樵撰。今觀其書，議論與《通誌略》不合。樵嘗上書自述其著作，臚列名目甚悉。而是書曾未之及，非樵所著審矣。後昆山徐氏刻《九經解》，仍題樵名。”
按：該書有明刊本、通誌堂經解本、經苑本、藤花榭本、蔡氏刻本及《四庫全書》抄本。
《夾漈遺稿》三卷。存。
按：據《四庫全書著作提要》有：“其集自陳振抄《書錄解題》以下亦皆不著錄。此本前後無序跋，不知何人所編。上卷古近體詩五十六首。中卷記壹篇、論壹篇、書二篇。下卷書三篇。其詩不甚修飾，而蕭散無俗韻。其文氵晃漾恣肆，多類唐李觀、孫樵、劉銳。在宋人為別調。……然南北宋間記誦之富，考證之勤，實未有過於樵者。”
按：版本有《四庫全書》抄本、藝海珠抄本、李淵海本氏。
《二鄭詩集》。鄭厚、鄭樵同撰。
《二鄭遺稿》。鄭厚、鄭樵同撰。存。
按：《二鄭遺稿》原清張琴所輯。現存莆田市圖書館。
《動植誌》。
按：《獻帝書》入“未成之書。”
《辨體》。
《歸正官制》。
按：《縣誌》載“又嘗討論《歸正官制》，為書三卷。”《辛巳親征錄》載“請修《正隆官制，比附中國秩序》。”或即此書。
《分音》。
《類韻》。
按：張須合《分音》、《類韻》為壹，《分音類韻》。
《字書》。
按：《獻帝書》列入未成之事。《寄方書》未確切說是否成書。
《音韻》。
按：《寄方書》作《韻書》與《分音》為壹。《獻帝書》或作《音讀》。未入成之書。
《音韻釋文》。（《莆田縣誌》有著錄）。
《緯韻》。（《莆田縣誌》有著錄）。
《韻目錄》壹卷。
《集古系時錄》十卷。
按：《獻帝書》謂此書以亡書所得。《上宰相書》謂校讎之集。”《宋誌》入《史·目錄類》。
《集古系地錄》十壹卷。
按：《直齋書錄解題》稱此書與《集古系時錄》：“大抵因集古之舊，詳考其時與地，二書相為表裏。”
《圖譜誌》
按：《天文略天文序》有載：“臣舊作《圖譜誌》，謂天下之大學術十有六皆在圖譜。”
《通誌六書略》。即《通誌》的《六書略》單行本。
《上殿通誌表》。（《縣誌》中存）。
《樂府四怨》。（《縣誌》卷六）。
《跋壽峰叢桂堂記》單篇。存，見《縣誌》卷七。
《邑大夫丘君生祠記》單篇。存，見《縣誌》卷七。
《劍南叢桂錄序》
《夾漈聽泉記》單篇。存。見《竹林溪集》卷二十九。
《說字》單篇。存。見《竹林溪集》卷三十。