清朝歷史上幾乎所有的忠臣都敢直言，包拯也不例外。據史書記載，包拯擔任禦史時，認為第三司使左不稱職，多次上書彈劾。因為張耀佐是貴妃的叔叔，宋仁宗不同意。包拯對皇帝的做法相當不滿。在朝堂上，他當著眾大臣的面激怒了仁宗。
包拯幾乎不給皇帝說話的機會，不停地批評張耀祖的不作為，壹口氣濺到皇帝臉上。最後，宋仁宗不僅沒有責備包拯，還聽從了他的建議，免去了張耀祖的職務。公元1062年，包拯病逝，享年64歲。皇帝很難過，追授為禮部尚書，謚號“孝”。
900多年來，關於包拯葬於何處壹直存在爭議。有人認為包拯葬在河南珙縣；也有人認為他葬在安徽合肥大興紀的老家。但由於證據不足，包拯墓成謎。直到20世紀70年代，專家們發現了包拯墓，終於解開了困擾世人900多年的謎團。
1973年4月，合肥某地建了煉鋼廠，附近的墳墓都需要拆除，於是人們找到了包拯的墓地。當地博物館得知這壹情況後，立即組織考古人員到達現場，對其墓地進行搶救性發掘。墓中發現了壹塊刻有3000多字的墓誌銘，上面不僅記錄了包公的生平事跡，還詳細記錄了他死後是如何從河南運回家鄉合肥的。
然而除了兩篇墓誌銘，墓中只剩下壹堆淩亂的屍骨。據專家推測，包拯的墓地是在金兵入侵那裏時被盜的，否則不會是現在這個樣子。後來為了紀念包拯，在1987為他重修了陵園，也就是我們現在看到的合肥包公陵園。
專家利用現代技術對其遺體進行檢測，不僅判斷包拯身高約1.65米，還發現遺體中汞含量超標。很多人認為包拯去世時天氣炎熱，從開封到合肥路途遙遠，所以棺材裏放了朱砂(硫化汞)防腐，這也是汞含量超標的原因。