自閉癥的病因和生化異常極其復雜，治療更是到現在都束手無策。目前主要采用特殊教育培訓。近年來，西醫嘗試傳統或新型抗精神病藥物進行生物醫學幹預；自閉癥被列為中醫領域的疑難雜癥之壹，在經絡穴位按摩、中藥、針灸等方面做了很多努力。
從醫學生物學、神經心理學、中醫辨證等角度解釋自閉癥的成因，認為自閉癥患者有其內因，即大腦和神經系統發育存在問題；從生態學的角度，認為自閉癥患者與外界的互動是壹個連續的過程。人類大腦的發育和成熟不僅僅是壹個生理(如基因)驅動的過程，大腦皮層的結構也受到學習經驗的質和量的影響，也就是說自閉癥患者是可以被教育的。從內因和外因兩方面同時介入，應該是壹個合理的思路，可以給自閉癥康復帶來更廣闊的前景。如果教育培訓從業者或機構、中西醫治療從業者或機構未能認識到這壹點，片面宣傳“只有教育培訓才有效”或“只有治療才有效”的理論，就會誤導自閉癥兒童的家長做出決策，從而危及自閉癥兒童的終身健康。從內因進行幹預，就是以中醫、西醫、中藥相結合的方法治療大腦和神經發育異常；從外因介入，就是提供盡可能好的教育環境，對自閉癥兒童進行有針對性的教育和訓練。
自閉癥應在2歲時確診，並實施早期幹預。自閉癥患者的大腦發育不正常。雖然大部分患者無法通過腦電圖和磁振發現問題，但只能說現代醫療技術不發達。最近幾年流行壹種說法，3歲才能確診自閉癥。其實這種說法對於自閉癥的早期幹預是被動的。1-3歲這個年齡段是兒童神經系統發育的關鍵時期，也是開啟語言、形成正確認知的關鍵時期。2歲早期確診，應該贏得最寶貴的治療時間。2歲的時候，妳應該能診斷出自閉癥了。正常嬰幼兒，1歲以後，會說語言，眼神交流靈活，能通過語言結合眼神和肢體語言進行交流，脾氣和性格正常。從開始學到流利，口語成分越來越多，肢體語言成分越來越少，這個過程大約持續1年。也有說話慢的嬰兒。他們要到2歲甚至3歲才會說話。但是他們以前有豐富的眼神語言和大量的肢體語言，基本可以和別人交流。排除智障等疾病，2歲的孩子如果不說話，沒有眼神交流，沒有肢體語言，行為刻板，脾氣沖動任性；或者雖然有語言，但不能正確組織語言，不看別人的眼睛，行為刻板，不能和其他小朋友壹起玩；或者說，先是語言出了，然後全部退化，以避開別人的目光。然後，這個孩子基本上可以被診斷為自閉癥。
2歲時及時幹預會有很好的效果，特別是對於重度自閉癥的孩子。壹旦晚於這個年齡，重度自閉癥患者會在3歲以後確診並進行幹預，結果會不太樂觀。自閉癥可能會伴隨他們壹生。對於中度自閉癥的孩子，6歲前進行幹預會有不同的效果。輕度自閉癥患者在6歲以後仍有機會，這種機會可能會持續到12歲(6歲左右，神經系統發育完成80%-90%，其余10%-20%將在12左右基本完成)。由於醫療條件的差異和父母承認現實的時間不同，患者被診斷為自閉癥的年齡也不同。但不管什麽時候確診，12歲之前都會有機會，但越早發現，越早診斷，越早幹預，效果越好。壹旦過了12歲，神經系統發育基本完成，除了部分發育較晚的少年可能有效，基本不會再有效。對於重度自閉癥患者來說，“早期”二字更為重要。
把握6歲前的最佳預期，進行有針對性的教育訓練，會對孩子的預後產生積極的影響。從這個角度來看，孩子的未來部分取決於父母的努力。目前自閉癥的訓練方法有壹些“流派”，被廣泛接受，但被長期實踐證明有效的訓練方法是ABA(應用行為分析)，這是壹種結構化的教學方法，由Lovaas提出。其實這個想法說起來並不好聽，和訓練動物差不多。簡單來說，就是通過適當形式的獎勵，強化積極行為，抑制消極行為，讓孩子養成適當的行為規範，提高認知水平。其他學校也做了很多努力。國內很多培訓機構也形成了自己的特色。單純訓練對自閉癥的效果還有待提高。所謂“單純訓練”，就是壹些機構或個人把訓練作為自閉癥康復的唯壹手段。目前國內外很多人認為治療自閉癥的唯壹有效方法是訓練，歸根結底是教育。只有教育者才會對自閉癥進行行為訓練，才能達到正常行為的標準，回歸社會。雖然有大量的社會教育工作者致力於此，但效果往往很令人失望。關鍵原因是他們還沒有意識到，自閉癥康復首先要通過治療活動把自閉癥兒童轉化為可教育的對象，然後才能實施教育。在這壹理論的指導下，壹些過度消耗體力的訓練項目超過了自閉癥患者的負荷，以至於任何壹個正常人都不願意接受這種強迫，很可能造成患者的二次心理傷害。不但沒有達到預期的效果，反而產生了很多負面影響，導致了患者的退步。所以在設計訓練方案的時候，壹定要把握好訓練的度和量。
近年來，西醫嘗試傳統或新型抗精神病藥物進行生物醫學幹預，效果都不是很好，尤其是副作用很大，壹直為大家所詬病。
中醫采用的治療方案無非是經絡穴位按摩、針灸、中藥等等。中醫的哲學基礎是天人合壹的整體觀，理論基礎是陰陽五行學說，臟腑經絡學說。治療中註意辨證施治。通過陰陽、五行、臟腑辨證，結合望、聞、問；根據辨證的結果，通過醫學刺激的媒介進行治療，先讓刺激歸屬於經絡，再歸屬於臟腑，使臟腑達到平衡，實現整體治療的整體觀念。醫學刺激的媒介有兩個分支:壹個分支是中醫，這是大家最常見也最容易接受的方式。大家忽略的壹點是，中藥的藥方必須導向經絡，這樣才能把中藥歸於經絡，刺激臟腑。另壹個分支是直接刺激經絡，包括針灸和按摩。根據辨證結果，選擇穴位直接刺激經絡，然後將刺激信息傳遞到臟腑。相比兩個分支，針灸推拿的刺激作用比中醫更直接。人體經絡本身就是壹個天然的藥庫。選擇穴位進行調理，可以直接刺激人體經絡和臟腑，起到直接的治療作用，避免了大多數孩子因脾胃濕冷體質而不吸收藥物的問題(這也是中西醫難以對自閉癥兒童起作用的主要原因)。如果對比針灸和按摩，按摩更安全，更受歡迎，尤其是對於自閉癥治療的孩子，孩子更願意接受。
兒童自閉癥的康復方案有很多，而且都有顯著的效果，所以顧此失彼是不合適的，而且是相互排斥的。如濟寧盲人按摩醫院，在正確辨證的基礎上，擬定合理的穴位配方，結合豐富的按摩手法，對兒童自閉癥進行穴位按摩治療；在按摩的過程中，我們還運用教育心理學的知識，與自閉癥患者進行適當的溝通和語言訓練。此外，鼓勵家長安排孩子在各類培訓機構接受適當的教育和培訓，取得了理想的治療效果。病人的進步特別快。經過治療，很多孩子可以進入普通學校，逐漸融入正常孩子。
自閉癥不容易治愈，主要表現為逐漸融入社會。比如壹個2-4歲的自閉癥兒童，經過治療和訓練，語言能力正常，有交流意向，就應該及時和小組聯系，及時送到幼兒園。到了入學年齡，符合入學條件的可以正常入學，恢復好的可以逐步從普通小學升入中學、大學。壹般來說，不同層次的孩子在父母心中都應該有現實的目標和期望。悲觀、失望和過高的期望都不是現實和積極的態度。對於水平差的孩子，目標取向應該是先實現自理，培養良好的行為規範；更好的孩子的目標是跟上學業，融入社會。每個特殊孩子的父母都有壹段痛苦的心路歷程。從懷疑、震驚、焦慮到接受、冷靜，幾乎無壹例外。大家要冷靜下來，認為孩子的治療是壹個馬拉松的過程，沒有壹蹴而就的捷徑。