壹般來說，寫了奏章的朝臣會由專人或通過驛站送到宮裏。送到宮中後，如果皇帝在奏折上作出指示，就會交還給專門的人員或驛站，繞過其他機構和個人。所以可以說，清代奏折的內容，除了最後壹位和皇帝，其他人都不知道。而電視劇裏的很多情節似乎都是利用了這個歷史細節。
皇帝批示後，奏折不壹樣，稱為“朱批奏折”。從雍正開始，連朱批的奏折都要交由軍部抄錄壹份備案，再交還朝臣，稱為“錄副奏折”。還有壹些紀念館。沒有皇帝的批示，最後都交給軍部存檔了，沒必要再抄了。還有壹些秘密劇，涉及到個人事務的秘密奏折。在不適合公開的前提下，皇帝會先把奏折留在宮裏，不會送到軍部抄錄。這種音樂叫“留在紀念裏”。
雍正帝不僅對朱批奏折歸檔這壹項進行了改革，還對之前康熙朝的朱批奏折進行了重新整理，並下令在奏折內容落實後的年終總結時，將所有朱批奏折交由皇宮保管。個人不能復制，也不能保留，所以成了習俗。
現在如果想查閱清朝的奏折，主要是在國家第壹歷史檔案館，那裏的清朝奏折是部分開放的。此外，臺北故宮博物院還有壹批清代奏折。與此同時，許多紀念資料被陸續匯編出版，或制作成電子檔案，便於查詢。