在藥物理論方面，《神農本草經》概括描述了君、臣、佐、七情和、四氣五味、陰陽協調等理論，明確了“以熱醫寒、以寒醫熱”的原則，使藥物性能與病機結合得更加緊密，完善了中醫治療理論。本文論述了藥物的功效、適應癥、用法和給藥，非常方便臨床應用。
《神農本草經》提出了應忌配伍的觀點。包含約170種適應癥，包括內科、外科、婦科、兒科、五官等學科的疾病。此外，還註重藥品的產地、采集時間、加工、質量和真偽鑒別。
《神農本草經》中包含了許多具有科學價值的內容，而中醫在當時通過大量實踐積累的藥物知識是令人矚目的。神農本草經第壹次系統總結了秦漢以前零散的藥物知識，壹直被認為是藥物學的經典著作，並有註解。