在明代，鐘君、左軍、幽郡、錢鈞和侯軍是這五個州的總稱，它們是全國最高的軍事機構。朱元璋先設大元帥府，後改樞密院，再改總督府，統管中外軍務。洪武十三年(1380)，大都督權力過大，分為中、左、右、前、後軍都督。永樂元年(1403)在北京建都督府，仍分五宅，稱為“都督、左、右、前、後”。十八年，以北京為首都，除“杭仔”二字，弘熙元年(1425)改稱“杭仔”。宣德三年(1428)，革“行中”都督府。正統六年(1442)，重修五間房屋，無“走進”二字。每個都督都有左都督和右都督(第壹等級)。大都督知事(從壹年級起)和大都督管事(從二年級起)，屬於經歷師經歷(從五年級起)和普通事(從七年級起)。都督初期，由官員侯、伯負責，可以參與軍務。後又在政務上領導公、侯、博部，擔任軍師，同知同務。
第五軍總司令辦公室除親軍指揮使部外，在北京分為保健所，在國外分為保健所。武官、浮官、地方官的受襲、更替、優撫、優待等項目，全部上報政府，政府再轉由兵部遴選。選拔後由政府發放。領導官員的選拔、授予、給予都是由吏部做出的。其他如武官的徒步、水騎訓練，武官的更換，器械、船、車，軍事情報，腹地的圖冊，柴草蘆葦等，都移交有關機構處理。政府只有統壹部隊的權利，調整部隊的權利屬於兵部。每當有戰爭的時候，皇帝就會命令他們帥起來，弄五個。軍歸朝，兵歸戍。可以看出，五軍總督署的權力已經逐漸減少，永樂以後全部還給了兵部。當時所謂的五常只是保留了壹個空名和壹個虛數。這是明朝加強皇權的重要步驟之壹。