《永樂大典》原稿的丟失，可以說是明朝的壹大謎團。嘉靖皇帝很愛永樂大典。壹場大火之後，嘉靖皇帝害怕大火會毀了這件傑作。於是，嘉靖皇帝任命高拱和曲景春兩位大臣負責《永樂大典》的校對和抄本編寫工作。這份拷貝花了五年時間才完成。然而，抄寫完之後，手稿就莫名其妙地消失了。關於手稿的下落有幾種猜測。有人認為可能是作為嘉靖皇帝的陪葬品葬在永陵。也有人認為它毀於萬歷年間的壹場大火。有人認為，李自成入關後，燒毀了皇宮，永樂大典在當時就被破壞了。
手稿的失蹤成了壹個謎，但更離奇的是，幾乎沒剩下幾份。副本的丟失其實不是天災，而是人禍。清朝乾隆年間，由於《四庫全書》的編纂和《永樂大典》的清點，部分被盜。鹹豐年間，因八國聯軍侵華，經營不善，被官員拿出來變賣壹部分。其中壹些被外國人帶走了。
這麽偉大的傑作因為這些人為因素所剩無幾，真的很可悲。