明清瓷器博物館
瓷器是新入選的中國古代四大發明之壹，也是讓世界了解中國最具代表性的古代貿易商品。南京博物院藏瓷器豐富精美，多為明清官窯傳世。明清瓷器展廳展出了近600件精選展品，從明代洪武到清代宣彤。展品包括青花、五彩、釉下紅等十余種精品，其中不僅有迄今發現的最早的釉上紅殘盤，還有古玩界追捧的珍貴搪瓷碗。展覽主線清晰，展示的展品種類豐富，讓人倍感舒適。
青銅博物館
南京博物院青銅器展廳陳列的青銅器，都是江南出土的精品青銅器。它們不同於北方，表現出江南特有的小而美的器物特征。展品從商代晚期到東漢時期，分五部分展出:酒食器具、樂器、軍樂器、廁所和陳列。在博物館裏，有壹個鑲嵌著豎鳥幾何圖案的青銅壺。通體飾以錯銀，覆以綠松石。壺形纖細靈動，采用青銅器中少見的束腰造型。鍋底由三只傳說中的猛禽組成，鍋頂中央蔓延的鴻雁象征著遠大誌向，是戰國時期只有高級貴族才能享用的物品。這些精美的青銅制品像壹面鏡子向我們展示了中國青銅時代的禮樂文明。
陶藝館
陶器博物館展出了近100件從新石器時代到明代的陶器珍品。比如豬形陶罐、陶豆，都是當時古代人的日常用品。館內漢代陶俑生動活潑，生活氣息濃厚；唐代的舞女、獸女、三彩充分反映了盛唐時期高度發達的經濟。中國古代陶瓷藝術不僅是壹部藝術史，更是壹部社會生活史，是我們認識古代社會生動形象的壹幅風俗畫卷。
江南錦繡館
雲錦是南京的特產，因雲美而得名“雲錦”。它與蘇州的宋錦、四川的蜀錦並稱為中國三大名錦，位列中國三大名錦之首。在南京雲錦申報人類非物質文化遺產之際，南京博物館從館內數百件文物中精心挑選了100余件代表性作品進行展示，讓人們直接了解雲錦工藝的文化內涵。雲錦館內有大型織錦提花織機，現場演示雲錦的制作工藝。雲錦制作是中國唯壹不能被機器替代的編織工藝。兩個人互相配合壹天只能織5-6厘米，所以有“寸錦為寸金”的說法。
玉石博物館
中國玉有著8000年的悠久歷史，在人類文明史上占有重要地位。古代玉器，成套玉器，斧子馳騁；中古玉，求同存異，推陳出新；現代玉器，發揚傳統，與世界文化融合。南京博物館玉器展廳展出了600多件以時代為線的精美玉器，為觀眾了解豐富多彩的玉器文化提供了平臺。在這裏，觀眾可以欣賞出土的古代玉器，宮廷流傳下來的奢華物品等等。中國玉以其獨特的魅力吸引著全世界人們的目光，並逐漸成為人類的財富。
截至2010，南京博物院目前有各類藏品42萬余件(套)，還有國寶和國家壹級文物2000余件，從舊石器時代到現在，既有國家級的，也有江蘇地區級的；不僅有宮廷傳世，還有考古發掘，還有壹部分是社會收藏和捐贈的。都是歷代珍寶，可以說是中國文化藝術的巨大寶庫。