公元960年，趙匡胤、宋太祖發動兵變，建立了宋朝(北宋)。然後，趙氏兄弟用了大約20年的時間，逐漸平定了帶有地方割據性質的軍閥國家，結束了五代十國的分裂，實現了國家的統壹。當時在中國北方，契丹族的遼國(公元916 ~ 1125)並沒有被北宋征服，而是與之對峙。北宋統治者在中國采取“文誌”政策，長期保持了和平局面，促進了工業經濟的發展，實現了文化的發展。但另壹方面，北宋不斷與北方新興民族作戰，耗費了巨額的軍費和國防開支，給國家財政造成了沈重的負擔。朝廷為了保證財源，不得不采取保護和鼓勵對外貿易的政策，導致對外貿易迅速發展，形成了城市繁榮和工商業發展相輔相成的局面。
北宋商人很多，如朱仁聰、周文德、周文奕、鄭仁德、仲孫、李雲等。，多次乘坐商船往返於中日之間，成為當時的知名人物。宋代商人運往日本的貿易物資主要是棉絲等絲織品、香料和藥材，其次是陶瓷和文具。日本出口的主要有砂金、水銀、織錦、絲綢、布匹、扇子、刀劍等，與前代基本持平。
自894年日本決定停止向唐朝派遣使節以來，采取了限制與中國接觸的政策，只允許少數僧侶來華。這樣，日本民間商船載著包括書籍在內的“唐物”到中國和日本僧人到宋朝訪問所進行的壹些文化宗教活動，成為這壹時期中國與日本文化交流的紐帶。
從11世紀中葉開始，壹些日本商人和莊園主開始向朝鮮派遣貿易船。從12世紀上半葉(南宋初期)開始，這種情況再次發展，出現了日本商船直接到中國進行貿易的趨勢。南宋時，長江口附近的明州(寧波)被定為對日通商口岸，日本商船開始頻繁駛往明州。利用商船出海、入宋的日本禪僧也越來越多。
鐮倉時代(1181年，日本源氏取代石平，1193年，元來王朝在鐮倉開設幕府)，日本對外貿易經營權由幕府繼承。由於鐮倉幕府從壹開始就對對外貿易采取了相對自由放任的政策，允許自由貿易，所以在平時代的繁榮之後，日本與宋朝的貿易有了很大的發展。
宋錢從12世紀中葉開始大量輸入日本。也是在這個時期，中國的銅幣開始在日本流通。根據東大寺文件，京都買地的價格是以銅錢的多少來標示的。南宋孝宗年間(公元1162 ~ 1194)，日本和韓國商船每年都要航行到明州進行貿易，不僅交換東西，而且更喜歡用現金交易。鑒於大量宋幣流向日本和朝鮮，宋慶元五年(1199年)，宋政府頒布法令，禁止銅幣帶入日本和朝鮮。
13世紀初，成吉思汗統壹蒙古，建立蒙古帝國。1271年，先祖忽必烈(1215 ~ 1294)建立元朝，作為中華王朝的繼承者。在對外關系中，元世祖多次對鄰國使用武力。至元十壹年(1274)和十八年(1281)(元世祖年)兩次出使日本。在此期間，即使兩國關系因戰爭而惡化，但兩國之間的貿易並沒有停止。元代《日本傳》中有日本商船在中國貿易的記載。元朝統治者非常重視海外貿易收入，因此對民間貿易持歡迎態度並給予優惠。
宋元時期，除了貿易，作為文化交流，僧侶是中日之間最頻繁的接觸。北宋年間，第壹個入宋的著名高僧是狄奧蘭(938 ~ 1016)。陸然原為日本東大寺僧人。與他同船的還有吳越商人陳、、宋以及他的弟子程叔和賈胤。《日本宋史傳》寫道:“雍熙元年(984年)，壹日本僧人帶五六人來海，獻銅器十余件，各得杖令和王年譜。”宋太宗(趙匡義，976年至997年在位)有壹次召見張宗為，給他紫色的衣服。985年，宋永熙(年號)隨浙江臺州寧海縣商人鄭仁德回國。幾年後，鄭仁德歸來，留下弟子Xi為答謝唐太宗獻表，並贈送了許多當時高檔的日本工藝品。表中有許多贊美和感謝宋朝皇帝的話，從中也可以看出伊然對中國的深厚感情和深厚的漢語造詣。
另壹位日本僧人元信(942 ~ 1017)從信仰宗教無國界出發，委托回國的宋商人朱仁聰帶回自己的前世藏書。《前世今生集》為浙江天臺山的國士寺所收藏，其教義也備受推崇。圓心教不僅在日本凈土宗信仰史上占有重要地位，而且對宋代佛教也有很大影響。
北宋時，日本僧人進京回國都要乘坐宋商船。南宋時期，情況與北宋不同。引人註目的是，日本船只已經航行到中國，或者漂流到中國。南宋時期，禪宗在江浙壹帶興盛。南宋的文人甚至皇帝都願意和禪僧交朋友，以顯示自己的高雅和高貴。這壹時期，加入宋朝修行禪宗的日本僧人絡繹不絕。
宋代最早的僧人是東大寺的重源(公元1121 ~ 1206)。中原1167來到中國，遊覽了天臺山和王宇寺，第二年9月隨榮熙回國。他回國後帶回了宋版《大藏經》等多部經典，以及五尊凈土像、十六羅漢像，還有許多佛教工具和繪畫作品，捐贈給東大寺等寺廟。
另壹位比其他人更晚入宋的僧人是日本禪宗林佶派的創始人榮熙(公元1141 ~ 1215)。榮在國內與鐘淵相遇，二人壹同前往天臺山和王宇寺朝拜修行，並於1168年9月帶著天臺宗經典60卷回國。榮熙還帶回了茶葉品種，回國後在傳播林濟宗的同時，盡力將飲茶的習慣傳播到日本。榮熙於1187年回到宋朝，到天臺山萬年寺學禪。容熙留宋五年，1191回國。回國後，先在九州普及禪宗，後於1195年在博多建傅生寺。後來下到鐮倉，住在壽福寺，在鐮倉武士中發展信徒，並於1202年在京都建了建寧寺，致力於禪宗的普及。
榮熙的弟子全明(公元1184 ~ 1225)在榮熙死後繼續主持肯尼吉。1223年，全明加入了宋朝的道元等人，住在天通山學習曹洞宗。兩年後，死於天通山。全明死後，道元(公元1200 ~ 1253)繼承了曹洞宗的道統，師從天鐘山方丈，嚴格修行打坐。1227年秋，道元如網告別，帶著全明的遺骨回到了中國。據說臨行時，儒敬大師告誡他不要住在壹個城市裏，也不要靠近國王的大臣們，哪怕是壹人半人都要教育。道元回國後，於1233在山城京都開設了盛興寺。1244年，道元重新修建永平寺，致力於弟子的修煉，成為日本曹洞宗的鼻祖。
榮的元二(公元1203 ~ 1280)於1235年入宋，遊覽了寺、天鐘山寺、景山寺(杭州府)，在景山滿居集習禪。1214年回國後，在博多開設了崇福寺和承天寺，在京都東南修建了東富寺，專修弘步禪，成為東富寺林佶派的鼻祖。1280死後，被園林皇帝授予“藝聲國師”稱號。元二手下的大部分僧人陸續入宋。他的弟子與普門(公元1212-1291)無關。他們於12565438年來到中國，在宋朝修行了10年。回國後住在東福寺，被封為“大明尊者”。
在南宋時期，當日本僧侶跟隨宋朝學習禪宗時，許多中國僧侶前往日本。蘭溪道隆(大覺禪師，公元1213 ~ 1278)是中國第壹位正式將大陸禪宗傳入日本的佛教高僧。他聽說日本的禪宗逐漸興盛，便於1246年帶著弟子抵達日本，京都仙奴寺的人也來迎朝，傳播禪宗。後來他在醫院的大師智慧鏡的幫助下搬到了鐮倉的壽福寺。
此時正值鐮倉時代中期，執政的北島願意接受新興的禪宗，使鐮倉既是政治中心，也是宗教中心，以便掌握宗教的實權。北島以道隆訪日為契機，支持道隆於1253年在鐮倉建立建昌寺，道隆成為寺的創始人。建昌寺仿照杭州景山寺，象征鐮倉禪質的轉變。1255年，石來招禪，鑄巨鐘，由道隆書寫，建昌寺方丈道隆簽名。據說這是日本“禪寺”名稱的開始。
到了元朝，因為元軍遠征日本，中日兩國僧人的交流中斷了壹段時間。直到中國僧人義寧(公元1247 ~ 1317)啟程赴日，日本來華僧人才逐漸增多。伊伊山寧是普陀山的和尚。1299年(元大德三年)，任(鐵木爾，在位1294 ~ 1307)外交使節，持國書赴日。起初，他被幕府懷疑為間諜，囚禁在伊豆秀寺。後來因為品德高尚，被赦免了。壹山壹寧長期居住在日本，曾居住在鐮倉的建昌寺、圓覺寺、景芝寺和京都的南禪寺。他的博學受到日本各界人士的尊敬和欽佩。壹山壹寧影響了日本文學、書法、繪畫的發展。
1305之後，日本僧人數量劇增。據說1305壹山壹寧弟子龍山德見仁元時，與他同行的有17人。t342年，他作為朱仙、範賢的弟子去日本時，隨行的也有25人。1344年，日本和尚的曾祖父能夠長大的時候，幾十個人成群結隊的跟著他去了。此外，還有很多獨自壹人的僧人。許多在中國生活了10年甚至20年的日本僧人被中國禪寺歡迎為住持。
與日本僧人相對應，中國的禪僧也相繼赴日。其中最著名的有卓青(公元1274 ~ 1339)、明楚(公元1262 ~ 1336)和朱仙範仙(公元1292~1348)。他們到達後，擔任京都和鐮倉寺廟的住持，受到朝廷和幕府的尊重和信任。尤其是憨厚，把中國禪林的各種規則移植到日本，對日本禪林規則的完善起到了很大的作用。