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印度佛教從西漢末年到魏晉南北朝時期有了很大的發展，所以當時的無神論與佛教有神論的鬥爭成為中國無神論史上的壹個重要特征。因為佛教是外來文化，無神論者在批判佛教有神論的時候，除了從理論上批判，往往還會從兩種不同的文化傳統上批判。
印度佛教在西漢末年傳入中國。起初，它依附於中國最初的“道學”和“方舒”；到了魏晉時期，玄學盛行，依附於玄學。南北朝以來，佛教興盛，逐漸擺脫了中國原有思想的束縛，造成了兩種不同文化的矛盾和沖突。東漢佛教主要講“神仙”“因果報應”，對印度佛教哲學知之甚少。中國存在“神仙”觀念，表現為“鬼神論”。至於“因果報應”，佛教和中國有不同的看法，但漢代佛教流傳的“因果報應”觀念，其實是和中國最初的“吉兇禍福”聯系在壹起的。
漢末，魏初翻譯了越來越多的佛經，佛教在中國以兩大流派傳播。壹個是安史高派，是小乘佛教，強調禪。第二個是智樓嘉壹派，是大乘佛教，講般若。安世高翻譯的佛經很多，其中影響最大的是《居安經》和《持經於陰》。前者講的是呼吸和守心，類似於黃老神仙的中國呼吸和呼吸技巧；後者解釋佛教名詞的概念，如漢語經典註釋中的章句研究。宇宙生命理論以“原能”為基礎，即“五行”，並以此為基礎說“五陰”後來翻譯為“五蘊”，即色、受、思、行、識，認為“五陰”也是“原能”的功能。由此可見，安世高所倡導的小乘禪明顯是依附於當時流行的道家思想的，佛教是由道家來解釋的。
《智樓高嘉》的分支被稱為大乘般若，認為人生最重要的是使“神歸術”，已經看到它深受老莊思想的影響。智謙，智樓高嘉再傳弟子，當時已將《般若波羅蜜多經》翻譯成《無量大光明經》。從譯經的名稱可以看出，他使佛教迎合了當時以老莊為核心的玄學。“般若”翻譯成“大明”，取自老子“知行合壹”的意思。“波羅蜜”和“到彼岸”的翻譯，也是達到與“道”合壹的境界。
魏晉時期，以老莊思想為基礎的玄學本體論非常盛行。玄學的中心問題是“書末有無”，而佛教般若的中心問題是“空”，接近玄學的問題。所以當時的佛教徒多以玄學來解釋佛教，采用的方法稱為“格義”或“連雷”。和尚在《皮多葉序》中說:“十二部中，皮木羅數量最多，與方忘經相似，因風而易。”可見當時的名僧也意識到佛教的普及是靠老莊思想的。東晉初，中國流行的般若派有所謂“六派七宗”，但他們討論的問題仍然是“有無”。所謂道安的“無根派”是在王弼和言和的“無根派”之後發展起來的。所謂“心無旁騖”，大多接近嵇康的阮籍思想；但支遁的“色彩流浪玄學”與郭象的“崇尚獨特”有相通之處。因此，我們可以說，佛教直到東晉時期還依附於玄學，所以當時的佛教可以稱為“佛教玄學”。
東晉以後，佛教的廣泛傳播引起了與中國傳統文化的矛盾和沖突，其中無神論與佛教有神論的鬥爭成為壹個重要方面。
自漢代以來，大量佛經被翻譯成中文。據《開元錄》記載，從漢代到西晉250年間翻譯佛經1420卷，東晉1716卷，包括同時期的後秦、西秦、前涼、北涼，壹百年內超過了之前的250年，尤其是鳩摩羅什的《般若經》復譯。這個時候，不僅是來華的僧人，國內的僧人也對佛教的壹些教義有了相對正確的認識。於是問題就產生了，到底是按照中國本來的思想去理解佛教，還是按照佛教本來的意思在中國傳播佛教。這樣，兩種不同的傳統文化就產生了沖突。南北朝時期，佛教與中國原有傳統文化的沖突表現在各個方面，從政治思想、哲學思想到倫理思想、宗教思想。其中，無神論反對佛教有神論還表現在諸多問題上，可以概括為:
第壹，“神”與“形”的關系。
中國古代有各種各樣的鬼論，都與“神”與“形”的關系密切相關。《詩經》中有“三日之後，在天”的說法，精靈升天到遙遠的地方。《左傳》中有很多關於鬼神的地方，所以孔子有“不能與人相處，如何能與鬼相處”的觀點。他對鬼神問題提出了質疑。先秦時期就有“生死氣化”說，這是無神論的理論基礎。秦漢以後，“無神論”與“有神論”的鬥爭更加明顯。《淮南子·靈修》中說:“所以形有摩擦，未曾改神者，當改其道，千方百計改之，始有偏激。”所以，桓譚有“形盡神滅”之說，王充有“人死非鬼”之說，批判了“神不滅”的思想。無神論者桓譚或王充對“有神論”的批判是建立在“生死氣化”理論基礎上的，所以“生死氣化”思想仍然是魏晉南北朝佛教神仙理論批判中的重要武器。當時的無神論者提出:“夫壹生氣極，竭其所能，消其津液而不同。”神雖是妙物，卻是陰陽之耳。生，生，死；是聚的開始，散的結束。所以，推，所以我們知道神和形是統壹的，本原是壹樣的。精細和粗糙，總是在同壹個房子裏。整個房子都充滿了精神，而房子卻被摧毀和分散了。散則受制於天，滅則歸於無有。反復貧窮是自然的。”(引自《洪明記》卷五，慧遠《論薩滿不尊王》)他們認為人的生命由氣組成，生命只有壹次，沒有來生。人死後，神全化了，什麽都沒有了。但在這壹時期，由於佛教是壹種更為精致的有神論，僅僅依靠“生死氣化”的思想已經不夠了，於是範真以“形質之用”、“形神合壹”的觀點對佛教的神仙理論進行了有力的批判。範真的“神仙說”把中國的無神論提高到了壹個新的高度。用“生死氣化”說來反對“神的不滅”，並不能完全說明人死後靈魂有沒有問題，但“形質之神”的觀點更能解決“神”對“形”的依賴。用“質”與“用”的關系來解釋“形”與“神”的關系，顯然受到了魏晉玄學解釋“有”與“有”的關系或“有”與“有”或“有”與“有”的關系的影響。比如鐘會的《老子註》說:“有無相？無所可廢，故有益，益在身；什麽都沒用，卻是空的。”袁準《天賦與自然論》:“性，當其質而言，方宜用之。“因為範雎用了魏晉玄學關於“體”與“用”或“質”與“用”的思想，把它們看成是統壹的，沒有哪個“用”是沒有根據的，沒有哪個“體”是沒有意義的，所以“體用同”。因為“神”離不開“形”，“形”離不開“神”，所以得出“形神俱滅”的結論。
第二，“性質”和嚴格因果關系的問題。
原來，在中國的傳統思想中，有壹句話叫“吉兇禍福”。易經，坤卦，文言文:“有好家，必有余慶；如果有壹個不好的家庭，就會有更多的災難”。認為做好事的人自己會得到善報或者後代會得到善有善報；做壞事的人，會為自己或為子孫得到惡業。這種說法欺騙性較小，因為人們看到做好事的人不壹定得到善報，做惡的人反而往往得到財富和榮耀。
佛教在這方面講究得多。他們認為，人的苦難完全是自己的無知、愚昧和愛造成的，什麽樣的“因”就會造成相應的“果”，這是必然的。而結果有遲有快，有先有後，有些是現世的報應。有的是來世報應的“生寶”；有的“二命、三命、百命、千命之後報”，稱為“後報”。人在“解脫”和達到“涅槃”之前，總會在天、人、阿修羅、地獄、餓鬼、畜生六道中生死輪回。如果輪子不停地轉，這就叫“輪回”或者“業輪六大分”。人若行善，可升“天”，在“天”中仍有生死輪回；人如果做了壞事，死後就會變成動物或者墮入地獄。所以人在達到“涅槃”之前必須受“因緣”支配，只能在“三界輪回”中。
在中國的傳統思想中，也有反對“報應”的思想，更重要的是“自然生”的思想。早在先秦時期，“生死”就已經被視為壹種自然現象。比如《莊子》壹書中就有這樣的話。比如《德崇賦》壹書中說“生死為壹”，在《幸福》壹書中記載了莊子喪妻時的歌唱。惠施問莊子為什麽，莊子回答說生死氣化，就像春夏秋冬四點鐘跑步壹樣。秦漢以後，無神論者在鼓吹“神滅”的同時，往往把“生死”視為自然過程。如王充認為:“天地和合，娃娃自生。猶太夫婦和睦，孩子出生。”天地之氣交匯，人類自然產生；就像情侶相處，孩子自然就來了。人會像冰融化壹樣自然死亡。“冰桿壹冬放，百年人亡。”王充在“生死”問題上提出“自生”的概念，是為了反對天人合壹的目的論，這是基於他的“天自然無為”的觀點。“自然無為”和“自生”思想對魏晉玄學產生了深遠的影響。在郭象的哲學體系中，“自然”和“自發生成”等概念不僅占據了重要地位，而且對反對南北朝佛教的“神仙說”和“因果報應說”產生了特別重要的影響。
郭象的“自然”概念很復雜，但無疑包含了“偶然性”的含義。比如他說“壹切都很自然，我也不知道為什麽。”他在講“物分別生”時，經常用“突然”、“挖掘”、“有效”來解釋“物分別生”的狀態，說明事物的存在是沒有目的的，沒有原因的，偶然的。郭象的“自然”觀成為南北朝無神論者反對佛教的有力武器。例如，範真說:
“人生就像長著毛的樹花，隨風飄落，它有自己的窗簾，飄落在席子上。
上面，自圍墻墻頭掉進了糞裏。殿下也是倒在墊子上的人。
掉糞者，下官也。貴賤雖道不同，因果在哪裏？"
在他看來，有些人富，有些人窮，沒有必然性。小梁紫碰巧掉在繡花桌上，所以他變富了，而範鎮自己掉在糞坑上，所以他變窮了。因此，他說，“陶珍生於自然，而羅森是獨立的，突然他有了自己的，但他什麽也沒有。他抗拒不來，去了也追不上，占老公便宜也不講道理。”後來朱的“性法之性”也是繼承郭象和範真的觀點而發展起來的，正如他所說:
“動者不知其主，生死不知其根，故蓋自然。
好好照顧它。所謂不自然的人。這是天性。"
再說壹遍:
“如暖風轉華，大雪寒，糞下有倦玉步。
以上。風無心厚，華嶽有穢有潔之道，天道無心。
又愛又恨，但生活清貧。"
朱認為，人的富貴貧賤生死，就像寒風中的雪花，有的落在泥土裏，有的落在玉階上，這不是神秘力量或因緣造成的，而是自然而然的。
第三，“在”與“在”的問題。
魏晉時期流行的玄學分為“不重視”和“崇有”兩個流派，他們討論的問題是“故事結尾有沒有東西”。“貴無”派說:“有則無之，有則無之。”他們認為“有”是根據“無”而存在的，“無”是存在的本體，所以天地間的事物只是本體“無”的表現“貴人無”派發展到東晉的張占。根據這壹理論，他為人們“超越生死，擺脫生死”奠定了理論基礎。他在《列子序》中說:“他的書大致表明，人群甚至是虛構的，各種事物都是以滅絕來檢驗的。.....不過我所知道的都是和佛經有關的，都是老子和莊子的。”為什麽「群居」以「絕對空」為「宗」？這是因為張展必須肯定在現實之外有壹個超現實的絕對存在，這樣才有可能“超越生死地活著”，或者說人可以有壹個超現實的歸宿。既然“壹切”都要“毀滅”，人如何才能解脫？張占認為，雖然“萬經”有生滅，有聚有散，但構成萬物的氣是沒有生滅的。生只是氣的聚，死是氣的散，不化為無，只是回歸“空”。人如果能明白自己的本源和歸宿，從“太虛”中來，又回到“太虛”，就能與“太虛”合而為壹，這樣個體的人就會生老病死。張占的這種觀點類似於當時佛教般若波羅蜜多。
佛教般若波羅蜜多是從漢末傳入中國的，樓家固早期翻譯的《道行經》有“無精”，認為“諸法無自性”，與玄學派所說的“無本”不可同日而語，但可以與佛教傳播的旁系結合起來。當時壹些佛教徒常常用玄學“崇高虛無”的思想來解釋“般若”。比如東晉之初，道安就說過“無是萬物之始”。特別是在翻譯了解釋《般若經》的《大識度論》、《中論》、《百經》、《十二門論》之後，東晉末年，佛教的“諸法無自性”論更加盛行，認為壹切都是因緣而成，沒有自性。人若悟出“諸法無自性”，不執著於任何事物，精神就能擺脫現實的束縛，達到絕對空無的涅槃境界，所以慧遠說:“諸神絕望，故謂之泥巴。”可見，當時佛教的“空”論與其“神仙精神”和超越生死輪回、達到涅槃境界的目的有關。所以，要批判佛教的不死論、因果報應論、輪回論，就不得不批判它的空性論。
佛教認為萬物的“自性”是“空”的理論，最早受到壹個叫慧琳的佛教徒的質疑，他在《黑白論》中指出，客觀事物是實際存在的，不會因為分析它們而變得不存在。劉宋之初的無神論者何承天在與佛教信徒宗炳的討論中，也從多方面批判了佛教的“物本空”思想。他在《回答居士》壹書中指出:如果像妳說的，當壹個東西真的存在時，可以證明它真的是空的，也就是說，事物總是空的，“空”和“有”就成了同壹個東西。如果“空”和“有”真的沒有區別，那為什麽大家都要區分“空”和“有”？然後何承天也揭露了佛教所說的“虛無”的虛偽。他認為佛教徒雖然口頭上說“虛無”，但實際上並不是“虛無”。他們不僅“迷戀愛情”，而且非常害怕“生死輪回”和“因果報應”。這不正是因為他們把這些都當成了“現實”嗎？何承天雖然未能從哲學的高度進行有力的批判，但他基於常識對佛教的“空”進行了有意義的分析。直到北宋張載才對佛教的“空”問題進行了深刻的哲學批判。
第四，“生”與“生”的問題。
與印度佛教相比，中國古代思想的最大特點是中國傳統思想，尤其是儒家思想，壹直以“治國平天下”為實現目標，所以其精神是“入世”，而佛教認為世界是苦海，要求超脫於現實社會，所以其精神是“出世”的。弘明集是梁代僧尼為弘揚佛教而編撰的著作集。關於薩摩亞人是否應該對國王恭敬，對養父母孝順的文章很多。它不僅包括僧侶關於這個問題的文章，還包括在這個問題上批評佛教徒的文章。
在《鴻明記》卷十二中，有於冰的《薩滿不應尊晉為帝》和桓謙的《回復桓玄論薩滿之尊》等文章。前者指出佛教徒不跪拜君主是違背“明教”的。後者指出佛教徒剪發為僧，有違養親之孝。桓玄下令沙滅薩滿的理由是:“帝都奢靡，其榮在市；天府之國到處都是。名器汙穢，逸鐘在百裏，捕盈於寺。“佛教勸人出家，實際上是告訴人們逃避國家稅收、服兵役等勞動，從而影響國家收入和武裝力量。在《鴻銘集》第三卷、第四卷何承天、宗炳、顏延之的論爭中，也從“出世”方面對佛教進行了批判。他認為周公、孔子等先賢對外界不可預測的事物采取兼容並蓄的態度，要求人們關註現實生活中的事物，這是正確的。他高度贊賞孔子“未知生，焉知死”、“不能為人做事，怎能做鬼”、“不談怪力之惑”的態度。他批評佛教宣揚天堂地獄、三代輪回、因果報應等。，都是虛無縹緲，荒誕不經，無法驗證的說教，追求的是根本不可能的東西。而中國傳統儒家思想主張士大夫要註重揚名立萬，踐行孔伷的道德教育，做壹些利國利民的事情，以實現“治國平天下”的理想。在《答閆光魯》的結尾，何承天說:“君子為新的壹天而工作，壹個官員教他以前的國王教他的東西...他為什麽要拖延積善，希望來世沒有經歷；生回當年真歡喜，疲憊失意，是風捉影，不是中庸之美；木易迷惑了惡魔，違背了人們的意願。“如果說中國的傳統儒學與佛教教義相比有什麽值得肯定的地方，何承天倡導的‘為其人謀新業，為其人施先王之法’的積極態度就應該得到肯定。
封建“禮教”及其“治國平天下”的理想，從根本上是為封建統治服務的。但與封建禮教相結合的“入世”精神和對現實社會的責任感，在當時也不得不承認仍有其積極意義。從壹個方面來說，中國傳統的“入世”精神是為了引起人們對現實社會的關註，要求人們關註現實生活，這有利於無神論的發展。