蝙蝠飛行能力很強，也是多種人畜患病毒的天然儲庫，可攜帶數十種病毒。蝙蝠適應了夜間飛行和生活的能力，生理功能發生了壹系列重要變化。
通常蝙蝠視力很差，但聽覺極其發達。在夜晚或非常昏暗的環境中，它們可以自由飛翔，準確捕捉食物。
蝙蝠的骨頭很輕。顱骨愈合程度高，骨縫不明顯。多種鼻骨前端有不同程度發育的鼻腔(鼻竇)，腹側腭骨常有不同程度的腭腔(腭竇)。肩帶發達，胸骨有龍骨狀突起。後肢脛骨和腓骨變性。
蝙蝠翅膀有兩種典型的類型，反映了兩種不同的比例，即翼展與翼寬的比例。有些種類，如大頭蝠(A)的比例相對較小，能適應在樹葉間低速精致的飛行，而另壹些種類，如墨西哥皺唇蝠(B)的比例相對較大，能適應高速無障礙飛行。