1940年8月，中英G基金董事局主席朱家華提議成立中國地理研究所，地點在四川重慶北碚，黃任所長。研究所下設自然地理組、生活地理組、大地測量組和海洋學組，現有員工40余人。
1947期間，中國地理研究所劃歸國民黨教育部，所長由林超接任。同時將研究所從四川重慶北碚遷至南京。
1949年，南京解放，由南京軍管會文教部接管。當時，研究所只有9名員工。
1950年移交中國科學院，成立中國科學院地理研究所籌備辦公室，竺可楨、黃任籌備辦公室主任、副主任。
1953年，中國科學院地理研究所正式成立，黃任所長。有地理組，大地組，地圖組。
1957年大地測量組獨立成立測繪實驗室，1958年遷至武漢成立中科院武漢測繪所。
1958年，國務院決定將地理研究所遷至北京，部分同誌留在南京，組建南京地理研究所。當時留下來的同誌主要從事湖沼學，於是成立了湖泊研究室和地理室，由石成錫教授任主任，任美華任主任，周任副主任。
1970年7月，中科院研究所體制調整，下放到江蘇省，歸原省科技局領導，更名為“江蘇省地理研究所”。
1979年6月，中國科學院提出同意中國科學院和省雙重領導，更名為“中國科學院南京地理研究所”。
1月1980，1，該所正式重新組建為醫院。
1988年，該所更名為中國科學院南京地理與湖泊研究所，壹直沿用至今。