1940年8月,中英G基金董事局主席朱家華提議成立中國地理研究所,地點在四川重慶北碚,黃任所長。研究所下設自然地理組、生活地理組、大地測量組和海洋學組,現有員工40余人。
1947期間,中國地理研究所劃歸國民黨教育部,所長由林超接任。同時將研究所從四川重慶北碚遷至南京。
1949年,南京解放,由南京軍管會文教部接管。當時,研究所只有9名員工。
1950年移交中國科學院,成立中國科學院地理研究所籌備辦公室,竺可楨、黃任籌備辦公室主任、副主任。
1953年,中國科學院地理研究所正式成立,黃任所長。有地理組,大地組,地圖組。
1957年大地測量組獨立成立測繪實驗室,1958年遷至武漢成立中科院武漢測繪所。
1958年,國務院決定將地理研究所遷至北京,部分同誌留在南京,組建南京地理研究所。當時留下來的同誌主要從事湖沼學,於是成立了湖泊研究室和地理室,由石成錫教授任主任,任美華任主任,周任副主任。
1970年7月,中科院研究所體制調整,下放到江蘇省,歸原省科技局領導,更名為“江蘇省地理研究所”。
1979年6月,中國科學院提出同意中國科學院和省雙重領導,更名為“中國科學院南京地理研究所”。
1月1980,1,該所正式重新組建為醫院。
1988年,該所更名為中國科學院南京地理與湖泊研究所,壹直沿用至今。