蒙古軍隊(包括色目人部隊)以騎兵為主。漢軍和新附軍大部分是步兵部隊，也有部分騎兵裝備。水軍由萬戶水軍和千戶水軍組成。炮兵連由炮手和制槍工匠組成，設炮手萬房、炮手千房、炮手總房。他們有的為親魏軍效力，還成立了千戶弩軍，負責守衛軍中的弓箭手。
根據任務的不同，軍隊分為警備和守備兩大體系。蘇維分為皇帝直接管轄的“恐薛”軍和樞密院指揮的侍衛親軍。平時主要鎮守朝廷、鎮守京畿，戰時也去北京征討；這個城鎮守衛著軍隊，並在這個國家的關鍵地區駐防。北部是蒙古軍和譚町軍的重點駐防地區。淮河以南主要由漢軍和新附軍駐防，並部署了部分蒙古軍和彈馬池軍。邊境地區由蒙古王宗總部和被分封或離開城鎮的土著部落部隊守衛。
蒙古時期的軍隊主要分為蒙軍和漢軍。
蒙古軍隊
蒙古軍隊主要由來自草原各地的蒙古人組成。“法律就是家裏有男的，十五個以上七十個以下，不缺人。”按十進制由十戶、百戶、千戶組成。“上馬就準備打仗，下馬就集合放牧。”千家萬戶是基本的軍事單位。不滿15歲的兒童被組織成“漸丁軍”，蒙古語稱為“怯困軍”，作為蒙古軍隊的後備力量。哈慈魯、欽察、唐舞、阿蘇、李亢、魏武、惠惠、阿渾等在戰爭中先後被蒙古統治者投降和掠奪的民族之壹丁壯也被編入蒙古軍隊。
蒙古軍隊平時駐紮在草原放牧，戰時臨時征召。隨著戰爭的發展，統治者需要壹支蒙古軍隊長期駐紮在被征服地區，於是從蒙古各部“發配”壹些士兵，組成專門的探馬紅軍進行城鎮防禦。探馬紅軍官兵被派往該鎮後，仍與蒙古總部保持密切聯系，所以在體制上仍屬於蒙古軍體制。
為了有效控制新統壹的蒙古各部，保證蒙古可汗朝廷的安全，成吉思汗從蒙古各部招募了壹萬名精銳士兵作為可汗的常備衛隊，這就是所謂的“畏學”。恐薛由宿衛千戶，射箭千戶，散班八千戶組成。負責守衛可汗，管理可汗朝廷的日常事務。雪茄煙分為四類。每班由博爾忽、博爾術、木華黎、池老溫或其後繼者為雪茄長，帶領“雪茄好壞”(衛士)常駐衛翰庭，三天壹換，稱為“四雪茄範衛”。在戰爭中，畏學是全軍的主心骨，被稱為“葉克火樂”(大中軍)。
韓軍
漢軍是隸屬於蒙古政權的中原諸軍的總稱，包括金朝的各路軍隊、中原各地的地方武裝和南宋初期降蒙古的軍隊。窩闊臺即位後，在中原大規模發兵，補充漢軍，於是有了“舊軍”和“新軍”之分。舊軍主要指全軍和地方武裝，新軍指從中原發出的士兵。
漢軍的建立最初是混亂的。唐太宗元年(1229)“設三萬戶、三萬六千戶，掌管天下兵”，蒙古軍隊的編制和官銜沿用漢軍制度。漢軍數千人不等，少則五六萬，多則二三萬。漢軍在蒙古統治者發動的戰爭中也發揮了重要作用。
忽必烈登基後，蒙古政權的統治中心從漠北草原轉移到中原漢族地區。為適應新形勢的需要，忽必烈對軍隊的建制進行了改革，逐步建成中央肅衛軍和地方鎮戍軍兩大體系，確定了元軍的編制和隸屬關系。
皇帝的衛兵
禁軍由原來膽小怕事的和新建的禁軍和親軍組成。
忽必烈汗繼承了蒙古前四任可汗時期的畏學留衛制度，第四任畏學仍主要由幾位英雄的後代把持。因為有利的政治生活條件，很多人想盡辦法“填”怕學習，很快就超過了原定的壹萬人的額定上限。朝廷不得不經常命令禁衛軍“出砂”，首先是為了解除對漢人和南方人學習的恐懼，但效果不大。文宗三年(1332)，駐防人數從15000人減少到13600人，實際上是對恐學過度的確認。
侍衛親軍組織成立於中國統壹元年(1260)。是忽必烈模仿中原王朝帝制後組建的中央軍。第壹個守衛組織被稱為吳偉軍，大約有三萬名士兵，這些士兵來自中原的每壹個漢軍的軍隊。元元年(1264)，吳偉軍改名為侍衛親軍，分左右兩翼。元末八年，左右衛改為左、右、中衛。元朝十六年後，禁衛按不同民族分類。原來的三衛擴大為前、後、左、右、中五衛，以漢軍為主體，稱為漢衛。後來又陸續增加了武衛(1280)、胡本偉(1297)、大通警衛隊(1308，後改為鐘毅警衛隊)、海口警衛隊(1309)。與此同時，唐武衛(1281)和秦察衛(1286)由各國勇武之士組合成親軍近衛軍而相繼成立(《天下大典·兵制序》)。1322分左右衛)、貴池衛(1287)、西羽衛(1295)、康力衛(1308)。1311年)、左右阿蘇威(1309)、龍鎮威(1312)、龍義威(1328)、臥羅寺威(65438)部分蒙古探馬赤部隊也編入侍衛親軍。蒙古近衛(1280，1303分左右近衛)、宗任偉(1322)等蒙古近衛相繼成立。此外還有左都尉(東宮禁衛成立於1279，後於1294改為龍符宮左都尉)、右都尉(東關蒙古禁衛成立於1285，後於1294改為龍符宮右都尉)、左都尉。到元朝末年，親魏軍等總人數在20萬至30萬之間，其中漢兵約占三分之二。
元朝統治者組建的禁衛軍和親軍使用了兩種不同的方法。壹種是朝廷根據軍事或政治需要，下令在指定的軍隊中挑選精銳士兵，集中在首都組建侍衛親軍；這也包括從原來的警衛組織中成立新的警衛。這種方法常用於組建漢族近衛軍和蒙古族近衛軍。另壹種是皇帝授權功勛大臣收編親屬或類似的人，組建新的衛隊；彩色護眼的形成大多采用這種方法。前壹種方式明顯受中原傳統軍事制度的影響，在中原建國的朝代大多選擇地方的軍隊來保衛首都。後壹種方式受早期蒙古軍事制度的影響，以蒙古千家萬戶的形式組織禁衛軍和親軍。功臣可以招募自己的下屬，實行管理。
雪丘和侍衛親軍雖然都是中央駐防部隊，但職能分工明確。怕薛負責皇帝的安全，又負責宮城和宮城(宮棚)的防衛，壹般不出去打仗。侍從和親軍不僅要負責元朝兩個都城的安全，還要鎮守“肚皮”地區。他們也是朝廷使用的“重則集中，輕則控制”的常備精銳部隊，隨時可以派出作戰。他們之間的隸屬關系也不同。薛蟠掌管薛蟠，直接聽命於皇帝。近衛親軍歸全體近衛指揮。除了東宮和後宮護衛，都屬於掌軍政的樞密院。士兵招募的差異也很明顯。怕薛的成員主要來自蒙古各部，而與軍隊關系密切的禁衛軍和士兵，既有中原及江南地區的漢軍、探馬紅軍和新附軍(南宋時軍隊投降)，也有原附於蒙古軍隊的色目人和被流放的蒙古子弟。按照元朝的規定，禁衛軍和親軍必須是精銳之兵，於是禁衛軍和親軍成為元軍的中堅力量，取代了薛雪在蒙古時期“大漢軍”的軍事地位。
元代地方駐軍由駐紮在草原上的蒙古軍和駐紮在各地的檀瑪赤軍、漢軍和新附軍組成。
總的來說，蒙古軍隊不出草原，仍然保持著戰時集結，平時歸牧的狀態。千戶組織也是蒙古軍隊的基本組織形式。北疆蒙古軍在元朝朝廷與東北、西北蒙古人的鬥爭中發揮了非常重要的作用。