辦公室:處理日常事務及讀者辦證、更換、文件復印等。
編輯部:負責文獻分類、采購、編目、加工、收集等基本業務。
流通部:設有各種類型的借閱室(綜合圖書借閱室、文史哲圖書借閱室、語言文字圖書借閱室、教育圖書借閱室、醫學借閱室)，為讀者提供閱讀咨詢文獻借閱、借閱卡掛失等服務。
閱覽部:有各種類型的借閱室(期刊閱覽室、報紙閱覽室、外文閱覽室、過刊室、樣本書庫、教師閱覽室等。)為讀者提供文獻借閱、閱讀、咨詢等服務。
信息部:為讀者提供文獻檢索、古籍閱讀、電子文獻閱讀和文獻傳遞、代查代看、選題服務等服務。
綜合部:負責圖書館計算機管理系統、網站建設和局域網的維護，負責音像文獻的使用和其他讀者服務工作。
此外，吉安市醫藥衛生項目查新中心也隸屬於該館。