本條例所稱福建土樓，是指南靖縣的楚溪土樓群、洪坑土樓群、高貝土樓群、項燕樓、甄宓樓、田螺坑土樓群、河坑土樓群、懷遠樓、何炅樓，以及華安縣的迪達土樓群。第三條福建土樓的保護應當遵循依法保護、科學管理、加強監管、永續利用的原則，確保福建土樓的真實性和完整性。第四條福建土樓所在地的縣級以上地方人民政府和文物行政部門負責本行政區域內福建土樓的保護工作。
縣級以上地方人民政府有關部門和鄉(鎮)人民政府應當根據各自職責，做好福建土樓的保護和管理工作。
村民委員會可以根據本條例制定村規民約，建立群眾性保護組織，保護福建土樓。第五條福建土樓的所有權受法律保護。所有權人應當按照有關法律、法規的規定，保護福建土樓；業主有權參與涉及業主利益的“福建土樓”的管理。第六條“福建土樓”所在地的縣級以上地方人民政府應當加強與有關組織的交流與合作，開展促進保護的科學研究活動，組織和培訓世界文化遺產保護管理的專業技術和管理人員。第七條福建土樓所在地的地方各級人民政府及其有關部門應當加強土樓保護的宣傳教育工作，普及土樓保護知識，增強當地群眾的土樓保護意識。第八條任何單位和個人都應當依法保護福建土樓，並有權舉報破壞福建土樓的行為。
對福建土樓保護做出突出貢獻的單位或者個人，由福建土樓所在地的縣級以上地方人民政府或者有關行政管理部門給予表彰和獎勵。第二章規劃與管理第九條福建土樓所在地縣級人民政府應當按照聯合國教科文組織關於世界文化遺產保護的要求，組織編制福建土樓保護規劃，明確福建土樓的保護標準和保護重點，分類確定保護措施，報省級人民政府和國務院文物行政部門批準，作為福建土樓保護、管理、展示和利用的依據。
“福建土樓”保護規劃經批準公布後應當嚴格執行，不得擅自修改；確需修改的，應當報原批準機關批準。
“福建土樓”保護規劃應當納入當地同級人民政府的國民經濟和社會發展規劃、土地利用總體規劃和城鄉規劃。第十條“福建土樓”所在地縣級人民政府根據“福建土樓”申報文本，劃定核心區和緩沖區範圍，報省人民政府批準並公布。
省人民政府應當對“福建土樓”作出標誌。標識說明應包括世界文化遺產的名稱、核心區、緩沖區和保護機構，以及聯合國教科文組織公布的世界遺產標識圖案。
縣級以上地方人民政府應當建立福建土樓的記錄和檔案，由省人民政府文物行政部門報國務院文物行政部門備案。第十壹條“福建土樓”的開發利用應當符合“福建土樓”保護規劃，與“福建土樓”的歷史文化屬性相協調。
在“福建土樓”核心區和緩沖區開辟遊覽場所，應當依法報當地縣級人民政府審批，並報省人民政府文物行政部門備案。
旅遊景區設立服務項目應當符合世界文化遺產保護要求，註重維護當地群眾權益，遵循公開、公平、公正的原則，接受社會監督。第十二條在“福建土樓”核心區內，確需建設項目的，應當符合保護規劃，並依法報省人民政府批準。
“福建土樓”緩沖區內的工程建設應當符合保護規劃，並與“福建土樓”及其生態環境相協調。工程設計方案應當經省文物行政部門批準，並依法報批後實施。
縣級人民政府應當責令不符合福建土樓保護規劃的建築物、構築物限期清理整改；對已經損壞的周邊景觀和植被，由相關責任人責令及時修復。第三章保護措施第十三條福建土樓核心區和緩沖區的土地和其他資源應當嚴格保護和加強管理，任何單位和個人不得侵占和破壞。第十四條“福建土樓”所在地應當做好生態環境保護工作，防止生態破壞、水土流失和水汙染，不得損害或破壞“福建土樓”的原生態資源；周邊重山的森林、林地逐步依法納入生態公益林管理，並按規定給予林權所有者適當補償。
嚴格保護古樹名木，禁止引進與當地生態環境不相容的外來生物物種。