負責紙質和電子文件的采購，圖書館文件的接收、分類和編目，現有目錄的管理，以及新書和回溯書目數據庫的建設。承擔吉林圖書館采編中心的日常工作。
貸款部
負責館藏中外文圖書的借閱。包括中文圖書開架借閱室、小說開架借閱室、計算機圖書館開架借閱室、青少年開架借閱室、保存圖書開架借閱室、讀者自習室、基礎書庫借閱室的管理、借閱和咨詢。負責為讀者辦理各種借書證。負責6個倉庫中外文圖書的管理和收集。
報紙部
負責本館中外文報刊的采購、驗收、分類、收集、書目數據處理和回溯建庫工作，為中外文報刊提供閱讀服務。
最新書店
負責向圖書館的讀者借閱新書。包括預約借書、電話續借等。負責集體借閱、圖書流通站、學校和社區分館的管理；為讀者提供檢索、購買、郵寄等服務，解答讀者的各種咨詢。
信息咨詢部
負責為黨政機關決策提供信息咨詢；為企業和科研院所提供項目跟蹤服務；為團體和個人提供查新和法律咨詢服務；定期編輯《信息要聞》、《獲取豐富信息參考》、《市場競爭情報》、《世界十大汽車制造商信息通報》等二級文獻，為社會提供在線參考咨詢服務。
信息網絡部
負責圖書館計算機、網絡設施和業務自動化系統的管理和維護；圖書館網站的建設、維護和更新；電子閱覽室的管理等。
歷史文獻部
負責歷史文獻閱覽室讀者的服務和管理；負責古籍善本、民國時期文獻、港澳臺文獻、日文舊書的管理和內部閱覽服務；負責古籍的開發和二次文獻的編輯；負責吉林、黑龍江兩省的文獻縮微拍攝和讀者閱讀工作；承擔古籍善本和古籍文獻的修復工作。
社會教育和培訓部
負責社會合作辦學，組織各種短期培訓；開展各種類型的讀者活動和青少年素質教育活動；舉辦各種講座；負責建立圖書館外的圖書流通站；負責“青草草”少兒網站的管理。
研究所秘書處
負責吉林省各系統圖書館和市(縣)公共圖書館的協調和業務指導，定期編輯《吉圖通訊》；開展多種形式的學術交流活動；負責吉林省圖書館學會的日常管理工作。
圖書館學研究編輯部
負責圖書館學研究的編輯、出版和發行，為圖書館界同仁提供圖書館學、情報學的學術研究成果。
財務科
負責財務核算、資金管理、圖書館各種借閱文件的打印和管理。
管理部
負責圖書館的日常行政管理，包括供水、供電、供暖、房產等工作；負責固定資產的登記、統計、核銷和報廢；負責辦公用品、日用品的采購和倉庫管理；負責車輛管理、職工食堂、綠化保潔、第三產業。