鮮木棉有健脾祛濕的作用，做湯或泡茶前壹定要先煨水。曬幹的木棉藥用價值較高，具有解毒、清熱、除濕、散寒的作用。
木棉往往是廣東民間祛濕的好食材，不僅有祛濕的功效，而且平和潤澤。春季中醫常說濕重會引起四肢無力、消化不良、關節痛等癥狀。煮木棉花茶對緩解上述癥狀效果更好。
木棉根和莖的提取物可用作收斂劑、止痛劑等。它的汁液可用於治療痢疾，它的根皮、莖皮和刺可磨成粉末制成藥膏治療痤瘡。