蒙醫的診斷包括問診、望診、觸診三種方法，簡稱三診。這是蒙醫觀察和診斷疾病的基本方法。通過三診所獲得的臨床癥狀和體征，運用蒙醫學的理論指導，結合患者的體質、性別、年齡、病因，對該病作出診斷。蒙醫在診斷時，十分註重對患者糞便、尿液等排泄物的觀察，從排泄物的顏色、性狀、氣味來判斷疾病的性質，以提供診斷參考。在診斷中，可能會出現“四種誤診”和“五種錯覺”等復雜情況。這時候壹定要辨證和辨病相結合，才能做出正確的診斷。醫生用手直接觸摸病人身體的某些部位，以探索疾病的方法，包括切脈和按壓診斷。
①脈沖切割。脈診在蒙醫診斷中占有重要地位，是醫生必備的技能。區分三根寒熱，以及臟腑變化，氣血盛衰等。主要基於脈沖切割。切脈通常在患者腕關節掌面的橈動脈脈搏處進行。把這條動脈分成三段，分別叫村部、幹部、查嘎。切脈時，患者手臂水平伸展，手掌平舉向上。醫生先將食指放在寸上，再將中指放在幹部上，無名指放在查嘎部，壹般以麥粒作為手指間的縫隙。切脈時需要仔細等待，用不同的指力測量，比如壹寸壹寸的摸皮膚，把肉壓幹，再壓骨頭。寸幹、甘茶、查嘎分別考察不同臟腑的癥狀，左右不壹。醫生診察右手寸處的心臟和小腸，幹部處的脾胃，查嘎部的左腎和精氣；左手檢查肺和大腸，幹部檢查肝膽，查嘎部檢查右腎和膀胱。如果病人是女性，醫生會用左手檢查心臟和小腸，用右手檢查肺和大腸。其他都同上。脈象的特點可以從脈位、脈頻、節律、強弱、大小、形勢等方面來了解。正常的脈象是平均脈搏壹口氣跳動4-5次(相當於每分鐘72-80次)，不浮不沈，不大不小，溝通均勻，節奏壹致。不過這是相對的，因為人的體型、性別、年齡，以及身體內外環境的影響，可能會出現壹些生理上的差異。關於臨床常見的異常脈象，歷代蒙醫積累了豐富的經驗，對脈象的識別非常細致，可細分為47種脈象，壹般以12種脈象為基礎，歸納為寒熱兩類，是臨床診斷的重要方面。蒙醫認為，何儀病的脈象是紅空心的，按壓是絕對必要的；希拉病的脈搏細、多、有力；巴達根病的脈搏沈重、緩慢而微弱。此外，還有獨特的脈搏，奇怪的脈搏，以及幾種脈象的誤診。
②根據診斷。醫生用手直接觸摸、按壓患者體表或患病部位的壹種診斷方法。穴位診斷主要用於區分寒溫、潤燥、腫脹、疼痛、腫塊，觀察患者對按壓的反應。觸摸、按壓四肢關節，檢查是否有骨折、脫位；沿脊柱觸摸按壓，了解是否有病理反應。