(1)辦公室
負責機關日常工作的協調和監督；承辦公文、綜合、政務公開、機要、檔案、保密和對外宣傳工作；承擔機關後勤服務保障工作。
(2)政策法規司(穆斯林食品管理司)
起草民族地方性法規和省政府規章草案，制定相關政策；承辦民族成分管理和民族團結進步表彰工作；指導民族自治地方的重大慶典活動；承辦尊重少數民族風俗習慣的事項；負責行政處罰、行政復議、行政訴訟和行政賠償；負責兼職委員的聯絡工作；根據有關規定負責清真食品生產經營的監督管理。
⑶經濟發展司
提出少數民族和民族地區經濟發展的專項政策建議，協調或配合有關部門辦理具體事宜；制定少數民族事業專項規劃，承擔監督檢查規劃實施的具體工作；參與少數民族和民族地區經濟社會相關領域發展規劃的制定；承擔統計分析、綜合評價和監測系統的相關工作；參與民族貿易和民族特需商品的協調；參與少數民族發展資金和少數民族地區補助資金的分配和管理以及扶貧工作。
(4)文化教育司
提出少數民族和民族地區教育、科技、文化、衛生、體育、廣播影視、新聞出版發展的專項政策建議，協調或配合有關部門辦理具體事項；指導少數民族古籍的收集、整理和出版工作，協調有關部門承擔民族文物保護工作；組織和指導全國宣傳工作；承辦大型民族文化體育活動；協助有關部門在少數民族和民族地區開展科學技術開發和普及工作。
(5)少數民族語言和語言系
承擔少數民族語言文字管理和翻譯工作，參與雙語教育協調工作；承擔少數民族語言文字合作工作。
(6)壹種宗教。
承擔佛教(藏傳佛教)、道教和伊斯蘭教的管理工作，調查研究並提出政策建議；指導佛教、道教和伊斯蘭教團體依法開展工作；接觸佛教(藏傳佛教)、道教、伊斯蘭教的人士；指導市、縣政府宗教事務部門依法管理佛教(藏傳佛教)、道教和伊斯蘭教事務。
(7)宗教的第二個位置
承辦天主教、基督教事務管理，調查研究並提出政策建議；指導天主教和基督教組織依法依規開展工作；聯系天主教徒和基督教徒；指導市、縣政府宗教事務部門依法管理天主教和基督教事務。
(8)三個宗教場所
幫助宗教團體辦好宗教院校。負責宗教工作隊伍及相關人員的培訓，制定計劃並組織實施。
(九)宗教場所
起草宗教方面的地方性法規和省政府規章草案，提出相關政策；承辦其他宗教的宗教事務管理；配合有關部門做好防範和處置邪教工作；指導市縣政府宗教事務部門做好基層宗教工作。
(10)監督檢查辦公室
承擔對民族宗教法律、法規、規章和政策執行情況的監督檢查；就民族和宗教關系提出建議；推進民族事務服務體系和民族事務管理信息化建設。
機關黨委(人事部門)負責機關及直屬單位的黨群工作；負責機關及所屬事業單位的機構編制、人事管理和離退休幹部工作；配合有關部門做好少數民族幹部工作。
成立紀檢組負責紀律檢查。