清朝統治後，永樂大典全部收歸國庫。清朝皇帝詳讀，視之為必讀之書。隨著晚清的不斷衰落，外國列強開始入侵中國，隨後慈禧與八國開戰。結果不言而喻，慈禧倉皇出逃，整個紫禁城成了八國聯軍的劫掠之地。
經過八國聯軍的洗劫，永樂大典遭受了近乎毀滅性的損失。現在只有少數分散在日本、英國和美國。八國聯軍屠殺中國人民，掠奪當時北京的寶貴財富。永樂大典此時也在其中，但由於八國聯軍的破壞，大部分書籍已經消失，只剩下少部分流亡在外。
據當時空降永樂大典的壹些書籍記載，這裏甚至被八國聯軍用來修築高墻和防禦工事。所以永樂大典被全滅，可以說是中華民族的恥辱，也是我們的教訓。要牢記落後就要挨打！