1.性質和作用的區別:註釋主要說明論文的選題或寫作緣起和背景，說明引用材料的來源和出處。寫作論文時，參考文獻是參考文獻深度和廣度的標誌。因此，它們在性質和功能上有著明顯的區別。
2.描述形式的區別:註釋(除文末註釋外)壹般列在文章第壹頁的下方，無序號；但大部分參考文獻都在文末做了註釋，序號是按照文獻的重要性或順序排列的。引用來源的註釋(除了對文章標題、作者註、稿件收稿日期的註釋)壹般是對某壹論點、某壹材料的引用，必須註明材料的確切來源和出處。
3.重要性的區別:需要註意的是，筆記在論文中壹般是不需要的。需要解釋或補充或說明的問題做標記，不需要解釋或補充或說明的問題不列。壹般來說，論文中的參考文獻應該是必要的，這顯示了科學研究的繼承性特征。即使是原創性的科研成果或科學發明，也要以前人的相關研究成果為基礎或參考。
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