當時的醫生不知道怎麽治療瘟疫，只能把瘟疫當成傷寒或者陰風來治療，但畢竟藥不對癥，不僅沒能延緩病人的病情，反而加重了，醫生只能眼睜睜看著疫情越來越嚴重。經歷了瘟疫和治療過程的吳有興決定改變主意，投身研究，尋找解決辦法。
吳有興建議這個病應該叫？流行病？病因不是邪風、風寒、暑濕，也不是六淫之邪，而是天地之間的另壹種氣，即所謂的四時不正之氣，從人的口鼻進入，引起人的疾病。吳有興在《溫病論》中記載了這類氣疫疾病，如大頭瘟、瓜瓤瘟、瘧疾、痢疾等急性傳染病，然後他根據這些傳染病的具體病因逐壹分類，並開出藥方。吳有興的方藥，如大圓湯、三笑湯等，在治療某些感染性疾病方面療效顯著。他還提出了祛邪達本的理論來輔助治療，都有非常好的治療效果。然而，吳有星的結局並沒有那麽完美。1644年，清兵入關。為了鞏固滿清王朝對關區的統治，朝廷頒布了？剃須順序？吳有興因拒絕剃頭被處死，妻兒投湖自盡。只有壹本書流傳下來，是關於溫病的。