自治縣人民政府設立巍山歷史文化名城保護管理委員會，負責指導、監督和協調名城保護管理工作，管理名城保護管理經費的使用。
城建和文化部門是自治縣人民政府負責名城保護和管理的主管部門，其他有關部門配合做好名城保護和管理工作。鄉(鎮)人民政府負責本轄區內相關名城的保護和管理工作。第四條自治縣人民政府設立名城保護和管理基金，主要用於名城的保護、管理、開發和建設。資金來源:
(壹)財政撥款，為自治縣上年財政收入的0.5%:
(二)風景名勝區資源有償使用費；
(三)社會捐贈；
(四)其他收入。第五條名城保護範圍:
(壹)縣城2.8平方公裏範圍內古城區的古建築、民居風格和街巷格局；
(二)縣級以上人民政府公布的文物保護單位；
(3)魏寶山風景名勝區壹級保護區面積6平方公裏，圓覺寺、龍軒寺周邊2平方公裏，位於土城遺址內。第六條巍山古城分為壹級、二級和三級保護區。
壹級保護區:陳宮大廈(含四方街)至行宮樓街外緣30米；
二級保護區:東街、南街、西街、薛旁街、大水溝街、嫘祖殿街、關勝街、後所街、日升街、月華街；
三級保護區:除壹、二級保護區以外的其他區塊。第七條壹級保護區內建築物、構築物的建築形式、體量和色彩，必須保持明清時期城市的格局和風貌。不符合要求的，必須重建或者拆除。
二級保護區內的新建、改建、擴建項目，應當在建築形式、體量、色彩、建築風格等方面與古城風貌相協調。
保護區內的建設項目應當符合縣城總體規劃和名城保護規劃，並按程序審批。第八條古城內的主要街道(群力門至南門)、東新街、西新街等。應當在店內經營，禁止在店外擺攤設點、堆放物品。第九條自治縣人民政府應當對文物保護單位和傳統民居劃定保護範圍和建設控制地帶，設立標誌，建立檔案。
在文物保護範圍和建設控制地帶內，新建、改建工程的設計方案，應當經文化行政管理部門同意後，報建設行政管理部門批準。
禁止塗抹、刻劃、損壞或者擅自移動保護範圍內的文物、設施和標誌。確需移動的，必須經文化行政管理部門批準。第十條禁止侵占文物保護單位。已經占用的，由自治縣人民政府限期遷出。因工作確需使用文物保護單位的，必須經自治縣人民政府批準，與文化主管部門簽訂使用合同，承擔文物保護和維修責任，並接受其指導和監督。第十壹條未公布的文物定級，由文化行政主管部門組織調查、登記、申報和定級，並由文物所在地的鄉(鎮)人民政府負責保護和管理。
任何單位和個人在自治縣境內發現文物，應當保護現場，並及時報告文化行政管理部門處理，不得隱匿、私分或者轉移文物。第十二條自治縣人民政府及其文化行政部門應當搶救、發掘、收集、整理和研究民族經典、歌舞、音樂、服飾等文化遺產。第十三條巍寶山風景名勝區、景點由自治縣人民政府設立標誌，建立檔案。
自治縣內的其他風景名勝區，由建設行政主管部門進行調查，建立風景名勝資源檔案，並負責分類上報。第十四條風景名勝區保護範圍內禁止毀林、采石、挖沙取土、修建新墳和狩獵放牧；禁止非法占用土地、水和其他資源。第十五條自治縣人民政府制定優惠政策，鼓勵國內外組織和個人投資開發建設名城和風景名勝區。
名城保護範圍內的開發建設項目，必須按照規定辦理審批手續。第十六條在名城保護範圍內進行生產、生活、經營和建設活動，必須遵守國家有關環境保護的規定。第十七條在名城保護和管理工作中做出顯著成績的單位和個人，由自治縣人民政府給予表彰和獎勵。第十八條有下列行為之壹的，由有關部門給予行政處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
(壹)在保護範圍內違法建設的，由建設行政主管部門責令其停止建設，限期拆除，並處以建設總投資3%至5%的罰款；對直接責任者處以300元至3000元罰款。
(二)在古城街、東街、西街等主要街道，堆放物品和在店外擺攤設點的，由文化鎮人民政府處以20元至200元罰款。
(三)塗寫、損毀或者擅自移動文物、設施和標誌的，視情節輕重，由文化行政部門處以200元以下罰款；情節嚴重的，責令限期恢復，並處損壞物品價值3至5倍的罰款。
(四)在風景名勝區、風景名勝區和文物保護區內挖砂取土、開山采石、新建墳墓的，由建設行政主管部門責令限期恢復原狀，並可處以100元以上1000元以下罰款。
(五)在保護範圍內的風景名勝區內非法砍伐樹木或者捕殺野生動物的，由林業行政主管部門分別處以樹木價值2-3倍、野生動物價值1-8倍的罰款。