眼石的起源可以追溯到公元前3000年到公元前1500年，古印度雅利安人的國度。當時，人們祈求上帝和佛陀的保護，所以天珠被創造出來。當時，人們使用古代文獻將書中記載的符咒、圖騰等符號和圖案(即現在天珠上的各種圖案)畫在石頭上，以達到增強精神(靈魂)意識的好處。據《吠陀經》記載，在古代，由於地理環境和自然災害的影響，自然產生了求神求援之心，“天珠”由此產生。同時滲入各種藥物治療疾病，將巫術符咒的圖騰觀念繪在石頭上，以獲得佛神的保佑和保護。
利用眼石拜佛菩薩的代表性記載是，唐太宗貞觀十五年(公元641年)文成公主下嫁吐蕃贊普時，帶了壹尊從印度請來的佛像作為嫁妝。最後，這尊佛像位於西藏拉薩大昭寺的釋迦牟尼佛殿，這尊佛像由西藏人用100多種天珠鑲嵌而成，包括三顆九眼天珠、三顆三只眼天珠和兩顆兩眼天珠。目前，這尊佛像供奉在拉薩大昭寺的釋迦牟尼殿。