本條例施行前，省人民政府應當將面積在0.5平方公裏以上的湖泊、市區湖泊和作為江蘇省城市飲用水水源的湖泊納入規劃，並確定和公布。
省人民政府可以根據本條例的實施情況，對湖泊保護名錄進行調整並予以公告。第三條湖泊保護應當遵循統籌兼顧、科學利用、保護優先、協調發展的原則。
地方各級人民政府應當加大投入，采取有利於湖泊保護的經濟、技術政策和措施，加強湖泊資源保護，規範湖泊開發利用，防止現有湖泊面積減少，提高湖泊水循環和調蓄能力，防止湖泊水汙染，改善湖泊生態環境。第四條地方各級人民政府和有關部門應當加強湖泊保護的科學研究，做好湖泊保護的宣傳工作，增強公民的湖泊保護意識；對保護湖泊做出顯著成績的單位和個人給予表彰或者獎勵。第五條縣級以上地方人民政府水行政主管部門(以下簡稱縣級以上水行政主管部門)是本行政區域內湖泊的主管機關，負責湖泊的管理和保護。
縣級以上地方人民政府環境保護、漁業、交通、建設、規劃、國土資源、林業等有關部門應當按照職責分工，做好湖泊的管理和保護工作。
沿湖鄉鎮人民政府應當根據湖泊保護的具體要求，做好相關工作。第六條本省洪澤湖、太湖、羅馬湖、微山湖、麗霞、白馬湖、高郵湖、寶應湖、邵伯湖、滆湖、長蕩湖、石臼湖、固城湖由省水行政主管部門管理，由水利部流域管理機構直接管理的除外。
其他湖泊由市、縣(市、區，下同)水行政主管部門管理，市區湖泊按現有管理權限管理。
跨行政區域的湖泊，由上壹級水行政主管部門或者其授權的水行政主管部門管理。第七條列入保護名錄的湖泊應當根據防洪總體安排和水資源配置情況單獨編制。
湖泊保護規劃的內容應當包括湖泊保護範圍、禁止采砂、取土、采石的區域(以下簡稱湖泊禁采區)、限制開發利用的項目、防洪除澇要求、水功能區劃和水質保護目標及措施、種植養殖區控制目標、退田(漁)還湖方案、退田還湖方案、清淤措施等。
湖泊保護規劃由縣級以上水行政主管部門會同有關部門按照湖泊管理權限制定，報同級人民政府批準後實施。湖泊保護規劃應當自本條例施行之日起壹年內完成。水行政主管部門應當根據實際情況對湖泊保護規劃進行修改和調整，並報原批準機關批準。
湖泊保護規劃是湖泊保護、開發、利用和管理的基礎。任何單位和個人不得違反湖泊保護規劃從事水產養殖、城市建設、房地產開發、旅遊資源開發等開發利用活動。第八條湖泊保護範圍是指湖泊設計洪水位以下的區域，包括湖泊水體、湖泊流域、湖泊洲灘、湖心島、湖泊出入口、湖泊堤防及其護堤地、湖泊出入口涵閘和泵站。
縣級以上水行政主管部門應當會同有關部門根據湖泊保護規劃劃定湖泊的具體保護範圍，並設立保護標誌。第九條湖泊禁采區由水行政主管部門會同交通、國土資源、漁業等部門根據防洪和水資源保護的需要劃定。
保護要求應當在科學論證的基礎上劃定並公布。第十條縣級以上水行政主管部門應當制定湖泊水量調度方案，滿足城鄉居民生活用水需求，兼顧種植業、養殖業和工業用水，保障湖泊生態環境用水。
如果壹個湖泊的蓄水能力不足，就要采取措施補水。湖泊水位達到死水位以下的，不得擅自向湖外調水；確需向湖外調水的，應當由水行政主管部門報經本級人民政府批準。第十壹條在湖泊保護範圍內，禁止修建妨礙行洪的建築物和構築物。在市區湖泊保護範圍內，禁止新建、擴建與防洪、改善水環境和景觀無關的建築物和構築物。
在湖泊保護範圍內，經依法批準進行工程建設或者設置其他設施的，不得有下列情形:
(1)減少湖泊面積；
(二)影響湖泊蓄水能力和其他工程設施安全的；
(三)影響水功能區劃確定的水質保護目標的；
(4)破壞湖泊生態環境。
在湖泊保護範圍內跨湖、跨湖、跨堤、臨湖修建工程設施，應當按照《中華人民共和國防洪法》的規定報批。