大屠殺
關於誰殺了四川人，有兩種說法，壹種是張，另壹種是清軍。
崇禎九年正月(1636)，張軍久攻不下滁州，部隊傷亡慘重。張軍“掠奪數百名婦女，並對其進行裸體強奸。”然後以“斬其頭，圍之以圍，植之以埋之以倒，露其私，以恨其槍”稱之為“陰門陣”。
《入川聖教》說張是“天天橫行霸道，殺人不眨眼。大溪有900名官員。張帶著700人離開了成都。他死的時候只有25個人。”
沈尋味在《蜀南序錄》中說，由於清軍的追擊鎮壓，張在成都被滅。“王宓有幾座宮殿不能燒，但都是用油脂燒的。盤龍石柱二號，舒夢在世時，纏了幾十層紗，浸了三天油，壹把火就斷了柱。”但這些書多是清代的，可信度值得懷疑，比如清代的“七殺碑”傳說。
清政府說，張不但殺人如麻，還在殺人的地方立碑，上書:‘萬物生而養人，無人好報天，殺，殺，殺，殺’。但後來，在廣漢的壹個墓地裏，出土了張的“甲骨文碑”。碑文曰:‘萬物與人同生，人與天無；‘鬼神明，自思自測。’明史說張在四川殺了6000萬人，很可笑。當時中國總人口不到1億(有歷史學家推測明朝萬歷年間中國人口達到1.2億至2億)。這些事實表明，明清政府的宣傳明顯被誇大了。
雖然歷史上農民起義也有濫殺的情況，但張在四川只屠殺了6萬人，這是不可思議的，無疑是自毀長城。而且清軍也有濫殺的事實。“人賊混雜，玉難辨。要麽全城屠殺，要麽屠男留女”，這是1649年清政府屠川時的命令。張死後，清軍花了很多年才平定四川。因為清軍記載張戰死的時候差點被他屠殺，而滿清在平定之前還在四川打了很多年，從這個矛盾也可以看出，張進行的屠殺規模很可能沒有達到清軍所描述的程度。
對此，《中國編年史·明史》有如下論述:“《遂口續傳》所載張在四川所殺人數，實不可信。由此可以推斷，舊史書中關於張叛軍被殺的記載，肯定有所誇張。但關於上述殺人事件的史料記載有很多種，除了細節上的差異，基本情況基本壹致，說明這些事件應該是真實的。在殺戮中，張不知如何區分明朝殘余與普通紳士和勞動人民。他錯誤地將明朝殘余勢力的反抗視為整個四川居民對大西政權的反對，狹隘的地域觀念使他對四川人存有偏見，從而不僅殺害了明朝殘余勢力，也殺害了許多普通紳士和勞動人民，使這類事件在壹定程度上反人民。應該說，這是張晚年犯下的壹個極其嚴重的錯誤。張在四川的大屠殺是反人民的，這使他嚴重脫離群眾。脫離群眾的人是不可能成功的。張對四川人的殺戮，成為他後來慘敗的重要原因。”。
自然災害
清同治十年《儀隴縣誌》中說:“季初以來的夷鎮之亂，留下了幾處遺跡。逃入谷中者，至今饑腸轆轆，人吃人，後有虎災，路中無行人，白日常到戶。”
瘟疫
《書證》:“當時瘟疫盛行，頭大發腫，大如鬥；有馬眼，大大的黃眼睛，還挺露的；有馬蹄瘟疫，從膝蓋到小腿，像馬蹄鐵壹樣淤青。三個病，中間壹個沒救了。”，“死人躺在床上腐爛，沒有人埋葬”。順治五年(1648)，內江“瘟疫成災，百姓四散，百裏荒蕪”。同年，川北又壹次大旱，每天都有人餓死。《銅梁縣誌》載1868，這裏“瘟疫到處蔓延，被傳染的人嘔吐，腰酸如斷骨，腳發麻，第二或第三個時辰就死了”。
老虎災難
歐陽智的《蜀亂》記載了四川的虎災。“蜀中從未有過虎禍。小偷開始紮營後的三四年裏，到處都是老虎，或十個二十個壹組，或七八個壹路，翻墻，浮在船上，爬上樓。這在古代是聞所未聞的，人們也不信。”
彭遵思《蜀比》載:順治初年，四川“久患亂世，城中樹木成蔥郁之林...那裏有許多老虎和豹子，像饕餮壹樣迷人。但如果妳穿過屋頂，越過高塔，妳會受重傷，妳死了也會被拋棄。白天進城，有幾十個遺民，日報社被老虎害了。過了幾天，壹個縣的人都殘廢了。”[1]
順治七年，四川地方官上奏朝廷，順慶府“查戶口，無二無三！”培養學生，相聚漸望安康自乃聘年起，城市成了草木蔥蘢，鄉村成了叢林，虎種滋生，被太陽吞噬。.....據順慶府南充縣令黃孟步深說，當時有506名戶籍居民，228只老虎，55只病死，現存223只。新兵74人，老虎42人，現有32人。" [2]
沈尋味《蜀中難略》載:順治八年春，“川南虎豹，害民甚大，幾乎無虛日。據說四川尤其在東部和南部。自戊子(順治五年)起，數十人聚於高樓，外有大木柵欄，極厚。老虎也進去了；或者從樓頂穿過重樓，把人咬到極致，也不吃飯。妳拿水就知道，很多人都是用棍子打出來的，但最終還是會有死的。例如，經常看到壹個州和壹個縣的公民沒有食物了。遺民免於刀劍饑疫，皆在虎口。雖然在營地裏躲不過壹兩個。”
乾隆《富順縣誌》(卷五)記載，清初人口斷絕數年，虎豹繁衍轉盛。他們日夜成群結隊地巡視郭城村，但沒有壹個人匆匆離去。他的勇猛也很囂張，遇到人會很尷尬，甚至沖出墻外，讓人無法反抗。李的許多殘余都死於老虎。"
道光《綦江縣誌》卷10載綦江“白日虎出沒，下塔窺殘戶。.....五七個行者雖在壹組，持器械，中間必有差錯。”
附言
明姚輝五十年卷:萬歷六年(1578)，四川境內“戶262694戶，口3102773口”。康熙二十四年(1685)降為“壹萬八千零九十丁”(嘉慶《四川道誌》卷十七)。
康熙二十年(1681)七月九日，四川巡撫杭哀曰:“蜀省久為賊所占，百姓紛紛逃亡，只剩下兵士。”當時方家英寫了壹首《哀川北》:“七日，瑯琊生，五日，達銅川。中江近千裏，舉目四望無人。茼蒿無路，老樹長在原田。豺狼在白天嚎叫，猿猴在樹林中哭泣...兩江千人，光後糊領。鏑的苦戰前線並沒有停止，饑餓和疫情頻發。綠磷照梓，白骨橫棉。老人哭著咽下了聲音，已經50年了。”
康熙七年(1668)，四川巡撫張德地在奏折中說:“察川省今屬遺跡，祖籍多為湖廣人。走訪農村的老人，他們都說過去四川每次被搶，都不會有土，外省人沒辦法，只能填地方。”