書院在元代廢棄，但到了明朝萬歷年間，無錫人顧憲成和弟弟顧允成在常州知府、無錫知府等地方官員的支持下，將其恢復，並邀請了壹些誌同道合者講學，從而形成了著名的林東學派。
東林書院是當時重要的文化和學術中心，它形成了完整的會議制度。。書院講學制度產生於南宋，明代逐漸制度化。東林書院的講學是明代書院講學制度的傑出代表。
講座將定期舉行，每年開壹次總會，每月開壹次短會，為期三天。壹個人將被選為主持人。講經當天必須舉行隆重的儀式，講經的內容主要是四書。在講座過程中，參與者會虛心聽講，在講座結束時互相討論，在會議期間互相講和。此外，研討會的組織還對通知、檢查、茶點和午餐等事項做出了具體規定。這表明林東學院已經制度化了。？
東林書院的另壹個重要特點是關註社會政治，將講學活動與政治鬥爭緊密結合。這壹特點在顧憲成題寫的壹副對聯中有所體現:“風雨聲聲，事事關心家事、國事、世事。”這副對聯至今還刻在書院舊址的石柱上。東林書院除了講學，還批判政治，審判權貴，用正義的力量向朝廷施壓。
這次討論活動產生了很大的社會影響，很多有識之士慕名而來。但最終，林東黨員在魏忠賢遭到宦官迫害，書院也被取締。崇禎六年，恢復，名聲更高。東林書院不僅是當時重要的文化學術中心，也是重要的政治活動中心，無論是在明代還是在中國書院史上都有著特殊的地位。