考古人員通過發掘，出土了牛、馬、羊等700多具被埋動物的遺骸，以及大量隨葬品，包括古代皮靴、古代藏族木屑、古代蒙古文字簡牘、彩繪木屑、黃金、木制鳥獸、絲綢和食物等。然而，考古人員只挖到第二層，就匆忙停止了挖掘。那麽這是為什麽呢？壹些業內人士給出的消息是，在發掘過程中，各種超自然現象不斷令人恐懼，甚至壹些科學家也無法給出合理的解釋。為了防止更多的意外，考古學家決定放棄進壹步挖掘，等到將來時機成熟時再進行。2017年10月，11，這座號稱九層妖塔的古墓不幸被盜墓賊盜走，近400件古代文物被盜，震驚全國。
接報後，當地公安機關迅速行動。經過縝密偵查，案件迅速破獲，珍貴文物全部追回。為此，考古學家決定進行保護性發掘，以避免小型盜墓者的再次劫掠，並在考古研究和歷史研究中發揮巨大作用。比如在這次發掘中，發現了世界上獨壹無二的8世紀波斯文字。至於馬步芳和小盜墓賊沒有碰過的更深的墓葬，考古人員決定不再挖掘，而是派人保護。況且在當時國家的歷史背景下，考古發掘技術的掌握並不成熟，定陵發掘中由於保存技術和考古發掘的不成熟，大量珍貴文物遭到破壞，使得考古人員害怕繼續發掘九層妖塔會重蹈定陵的覆轍。所以九層妖塔的考古發掘就停在了二層。同時，這也是官方對九層妖塔考古發掘終止原因的唯壹正面回應。