元朝以來，中央王朝壹直在中國西南地區的苗、瑤、壯、白、彜、藏等少數民族地區實行土司制度。土司制度是中央政府在軍事或政治征服後對這些地區實行“羈縻”政策而產生的特殊統治制度，是與當地少數民族落後的經濟和較低的社會發展水平相適應的。根據不同地區的實際情況，土司制度可分為土司和地方官兩種。土司是指世襲的宣威司、傅玄司、平定司、甄宓司、龍官司，由當地少數民族首領組成。他們雖然接受中央王朝授予的官銜頭銜，但是他們所在地區的土地和人民都是屬於他們的，所以他們實際上屬於割據壹方的地方政權。地方官是指按照大陸行政體制設立的州、府、署、縣等地方機構，地方少數民族首領、首長被任命為地方知事、地方府尹等。，往往以地方官員的名義，充當酋長。隨著西南少數民族地區社會經濟的不斷發展，與中原地區政治、經濟、文化的聯系日益密切，土司制度日益成為當地生產發展和社會進步的障礙，也不利於多民族國家的統壹。因此，自明代以來，中央政府壹直在壹些成熟地區推行“還田還溪”政策，但規模很小，影響也不大，未能引起整個西南少數民族地區行政體制的重大變革。有些酋長管轄數百裏的領土，數萬士兵對行政區內的人民進行殘酷的壓榨和掠奪。部分地區雖實行了地方制度改革，但由於土司制度根深蒂固，仍是“土根深蒂固，文武百官住省城，四百裏無人敢耕。”
明末清初以來，中原與邊遠地區的聯系進壹步加強。特別是大量漢人進入西南少數民族地區開墾，帶來了先進的生產技術和生活方式，對當地落後的土司制度產生了巨大的沖擊，使越來越多的人要求擺脫土司制度的束縛。但清朝初期，由於中央政府忙於統壹國家和抵禦沙俄入侵，無暇顧及西南地區的土司制度改革，使土司制度得以傳承。雍正時期，清廷的統治權力大大增強，初步解決了北方民族叛亂和沙俄入侵等問題，隨即開始大規模改革西南少數民族地區。雍正四年(1726)，雲貴總督鄂爾泰要求將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄就近劃歸雲南，改地方為地方，歸地方，隨後在雲貴、四川、廣西、湖南廣泛推行。清政府分別設置府、署、州、縣等行政機構，並派出非世襲的流動官員進行治理，大大加強了中央政府對該地區的控制。在實施改革的過程中，主管改革的鄂爾泰等人根據各地的不同情況，采取了和平訴求和軍事鎮壓兩種方式。總的來說，在廣西、四川、湖南等地，主要是招撫，而在雲南、貴州等省，則是大規模的武力鎮壓。
貴州是苗族聚居的地區，清朝的統治相對較弱。雍正四年(1726)，清軍進攻廣順府寨等地，鎮壓當地苗人的反抗，強迫他們剃發更衣，並試圖護甲查戶。他們還成功地招募了廣順(今惠水、鎮寧、永豐、安順)的1000多個苗寨。隨即清軍入侵黔東苗嶺山地和清江、杜江流域的苗族地區，先後占領了古州(今榕江)、太公(今臺江)、清江(今劍河)、杜江、丹江(今雷山)、八寨(今丹寨)等地，並對拒不投降的苗寨進行東征，設官治理，從而對外開放。但清廷派駐當地的文武官員肆意欺壓苗民，勒索錢財，引起廣大苗民的強烈不滿。雍正十三年(1735)，清江、太公壹帶的苗族人揭竿而起，反抗清朝的殘暴統治，攻占凱裏、黃平，震動了整個景區。清廷派刑部尚書張昭領兵鎮壓。張昭壹直反對鄂爾泰等人的還鄉政策，又不懂軍事，以至於曠日持久，徒勞無功。剛剛即位的乾隆皇帝下令罷免張昭，將之前壹直積極平定苗的張光嗣調任貴州，負責苗務。張廣泗兵分三路，到處屠殺未成熟的苗人，燒毀苗寨1，200余座，俘虜、斬首苗人數萬人，鎮壓當地苗人的反抗鬥爭，強行將貴州歸鄉，加強了清朝在這壹地區的統治。
雲南是壹個土司勢力強大的地區。壹些頑固不化的土司和地方官員，為了維護自己傳統的世襲統治地位和各種特權，強烈反對清政府的回歸祖國政策，甚至發動武裝叛亂。雍正八年(1730)，烏蒙(今雲南昭通)土司陸定坤利用當地彜族對鎮守烏蒙的清軍總指揮劉起遠貪汙暴虐，軍紀敗壞的不滿，帶領族人陸、盧萬福發動叛亂，殺死，攻占烏蒙，並包圍東川(今雲南會澤)、鎮雄等地。叛軍在池塘邊襲擊、殺害士兵，搶劫運糧，拆毀橋梁，封鎖關隘，對正在進行的土地轉換造成了極大的破壞。鄂爾泰調集清軍壹萬余人，兵分三路鎮壓叛亂:鄂爾泰親自督戰，經過激戰，叛亂最終被鎮壓，保證了地方改革的順利進行。在滇南，清廷除掉鎮遠、沾益州、柘樂、威遠、廣南等地的土司和穆圖，並派壹名同僚暫知劉洪都在鎮遠的事。穆圖道儒鎮拒絕交出被占領的土地，煽動當地彜族人殺害劉洪都，發動叛亂。清廷派兵鎮壓，將改革後的土司、酋長全部遷到外省安置，然後進軍瀾滄江下遊，破險關，直抵蒙陽。除了車等地的土司在河外，其余都改弦易轍，將普洱升格為府，並派兵防守。
清朝在西南少數民族地區普遍實行“還田還溪”制度，限制和消除了地方土司的割據勢力和特權，加強了中央政府對西南少數民族地區的控制，促進了地方經濟發展和社會進步，加強了各族人民之間的經濟文化交流，鞏固了多民族國家的團結。而清政府的民族壓迫和民族歧視政策，尤其是在平定土司叛亂的過程中，對各地人民的野蠻屠殺，也給各少數民族人民帶來了巨大的災難。