在元世祖時期，元世祖的軍事和政治勝利使他渴望在海外宣威，他也想讓這些海外鄰國向他致敬，就像漢唐的國王壹樣。朝鮮向元世祖投降後，元世祖急於讓日本向他投降。因此，從至元三年到至元十年，元世祖連續五次向日本派遣使節，勸說日本向朝鮮派遣使節。當時統治日本的鐮倉政府態度非常堅決，拒絕答復。在這種情況下，元世祖不再優先考慮使者，取而代之的是大規模的十字軍東征。元世祖壹生中發動了兩次大規模的征服日本的戰爭。第壹次是致遠十壹年，向日本派出漢蒙軍兩萬五千人在內的九百艘戰船。雖然元軍小勝，但日軍抵抗也很頑強，元軍難以深入。元軍戰船遇海風後，倉皇撤退，第壹次遠征日本結束。日本稱這場戰爭為“文永之戰”。第二次是在致遠十八年。這壹次，元世祖派出兩支擁有4000多艘戰艦和14萬士兵的軍隊入侵日本。由於元軍總司令內部矛盾、不和、指揮不協調，日本有抵抗元軍的經驗，又做了充分的準備，所以在戰爭中毫無建樹。後來遇到風浪，損失慘重，第二次征服日本宣告失敗。日本把這場戰役稱為“紅安之戰”。這兩次遠征中國，激起了韓國人和韓國人的反抗。從那以後，元世祖再也沒有派壹條船去送死。
元政府和日本政府處於戰爭狀態，但民間交流，尤其是商業交流從未停止。戰爭停止後，更多的日本商船來到中國。清遠港(今浙江寧波)是對日貿易的主要港口，日本商人經常在這裏交換市場。元政府對日本商船進行檢查並劃點後，允許日本船只登陸市場。此外，在福建、山東等地，日本商船也不時駛來。據統計，從成宗九年(1305)到十年(1350)的45年中，有33年有日本商船來元。這只是壹個粗略的統計，實際上還不止這個數字。中國的出口商品以瓷器為主，此外還有銅錢、香料、卷軸、佛寺等器皿。日本人將黃金、劍和扇子輸入中國。
除了商人，來袁最多的是日本僧人。只有在太定三年(1326)，元朝“將瑞幸等十四名日本僧人遣送回國”，可見僧人來元朝的人數。據日本歷史學家統計，來元朝的日本僧人多達220人。他們向中國僧侶學習佛經，學習中國傳統文化和中國文學藝術。