《本草綱目》不僅糾正了以往本草中的謬誤，還增加了374種新藥。
《本草綱目》是壹部名副其實的植物誌，其中對植物的形態、栽培、分類、鑒別等方面的記載清晰生動。李時珍把1000多株植物分為5個部分30類，對每壹株植物的根、莖、葉、花、果、種子都有詳細的描述。各種植物之間的差異也描述得非常細膩、準確、生動。
《本草綱目》對動物的研究已達到相當高的水平，包括水禽32種，園林鳥類23種，林禽17種，山鳥13種，家畜28種，野生動物38種，嚙齒動物12種，軟體動物8種。諸如此類。
《本草綱目》還收錄了276種礦物質，並詳細描述了許多金屬和化合物的來源、顏色、開采和鑒別方法。此外，還詳細介紹了化學藥物的性質以及蒸餾、升華、結晶、沈澱和燒灼等生產方法。