圍繞著失蹤的原《永樂大典》是壹個又壹個謎，甚至有學者稱之為“中國圖書史上最大的謎”。學者們各持壹端，或深埋在明朝嘉靖皇帝的陵墓裏，或被李自成焚毀，或不知去向。
關於原作的下落，壹般的說法是它毀於幹青宮的大火。公元1797年，也就是清朝嘉慶二年，紫荊城突發大火，幾乎燒毀了整個幹青宮。原永樂大典當時在藏語清宮，不幸毀於這場大火。
但在清朝乾隆年間，清政府對宮中藏書進行了清理，將所有的珍本書籍和記錄整理在壹起，編成《天祿林朗書目》。永樂大典是圖書中的龐然大物，有壹萬多冊。如果真跡在乾隆宮，是極容易被發現的。它怎能不被編入《天錄·林朗書目》？
乾隆年間，編輯《四庫全書》時，因為想參考《永樂大典》，所以在宮內外都查了《永樂大典》。當時有人懷疑，康熙年間，有人經常在皇家圖書館看這本書，可能拿走參考，未能歸還。因此，甘龍下令進行訪問，但沒有人被發現。
如果當時真跡存放在乾隆清宮，又何必去江浙找復制品呢？從這個角度來說，既然乾隆、清朝時期真跡毀於大火的說法是站不住腳的，那麽在清朝以前真跡會不會失蹤呢？
關於原作消失的第二種說法是，它毀於明末，即被李自成燒毀。明朝末年，李自成率領起義軍攻占北京。剛剛稱帝的李自成，因為難以抵擋來勢洶洶的清兵，匆匆離開了北京。臨行前，他把怒火發泄在首都的宮殿和城樓上，並下令放火焚燒。在這樣壹個亂世，沒有人會關心壹本書的存在和命運。原來的永樂大典此時是否已經完全無聲無息地化為灰燼？但這種說法在史書中沒有記載，也沒有真實的證據。
雖然眾說紛紜，但永樂大典真跡幾百年來從未出現卻是不變的事實，所有的正史和野史都找不到關於真跡的準確記載。
因此，有學者提出，要解開《永樂大典》原作之謎，要從歷史上最後壹次準確記載開始，也就是明朝嘉靖皇帝出殯期間。
據史料記載，嘉靖皇帝死後三個月下葬。此時是隆慶元年三月，壹個月後，新皇帝表彰了《永樂大典》抄本的復抄者。按照邏輯推理，抄寫完成的日期應該在四月之前，這樣嘉靖皇帝下葬和《永樂大典》抄本重錄的時間就很接近了。而且從這個時候開始，原來永樂大典去的地方突然被人聽到了。嘉靖的葬禮和真跡的失蹤幾乎同時發生，真的是巧合嗎？
歷史已經離我們遠去，但發生過的事實只有壹個。如果所有這些猜想只是揭示了唯壹的歷史事實，如果明朝嘉靖皇帝是原永樂大典消失的幕後主謀，那麽壹個值得我們關註的問題是，他真的把原永樂大典帶到了自己的陵墓裏嗎？
當然，原來的永樂大典是和嘉靖皇帝壹起葬的。這個猜想只能是永陵地宮開放前的理論假設。消失了幾個世紀的原永樂大典，或許還有更多未解之謎，等待人們不斷探索。