秘書處組是全國清史編纂委員會的常設綜合管理部門，是編委會主任辦公室和主任辦公會議。
秘書組的職責是承擔編委會主任和主任辦公會議交辦的工作，做好編委會主任、副主任的助理工作，發揮編委會領導助理和信息樞紐的作用。項目中心
國家清史編纂委員會項目中心成立於2003年5月29日，是國家清史編纂委員會直接領導下的常設工作機構。其工作定位和目標是通過規範化、程序化、網絡化等現代科學管理手段和方法，落實清史編纂委員會的決議和指示，全面協調、組織和管理清史編纂工程的各項工作，圓滿完成清史編纂工程。任務主要包括項目立項、資金管理、檢查評估、成果鑒定等。
項目中心現任領導為徐兆仁和劉威。同濟組
同濟組是清朝編譯委員會下屬的二級項目組。它於2004年正式開始工作。在國家清史編纂委員會的直接領導下，負責清史編纂項目同濟部分的設計和立項，並全程跟蹤檢查所轄項目的編寫進度和質量。
同濟集團***11三級工程(同濟9項，試驗2項)於2005年竣工，竣工時間為2010。年鑒部分
誌書組是清史編纂委員會下設的工作組，成立於2003年9月。其職責是在國家清史編纂委員會的領導下，設計、組織和實施清史編纂工程的部分項目。現任團隊負責人是郭教授。
地方誌組的主要任務是跟蹤檢查所管理項目的編寫進度和質量。紀錄片組自成立以來，完成了以下工作:(1)制定紀錄片組2004年工作計劃和工作進度流程；編制2004年工作預算；制定《清史誌編纂細則》和《清史誌編纂細則》；調查中國第壹歷史檔案館館藏國史館檔案，撰寫中國第壹歷史檔案館館藏國史館檔案調查報告；《清史點誌》內容調整報告:起草三級和四級項目的項目招標指南；撰寫《國家清史編纂委員會誌書項目招標實施細則》；第壹批委托項目的可行性研究和項目準備；第二批招標項目的前期調研；等壹下。傳記部分
傳記組是清史編纂委員會領導下的主要項目工作組，成立於2003年9月。其主要職責是設計、整理和實施清史編纂委員會的人物傳記。
傳記集團將采用項目責任制，實施和開展其編輯工作。清史人物傳記共22卷，設置31科研項目。歷史表組
史表組是清史編纂委員會下設的常設機構，負責清史表各卷的編纂和管理工作。前任組長是吳建勇，現任組長是程艷教授。
史表組的基本職責是:在主編和大清編纂委員會的領導下，進行學術組織管理，制定史表工程的總體規劃和年度計劃；負責實施史表項目的規劃和計劃，組織學術研究活動，研究制定史表的編寫體例和體裁，組織各類項目的論證、招標和立項；指導各項目工作，監督檢查各項目學術質量和進度，組織項目結題。對已立項項目進行日常管理，充當編委會與項目組之間的橋梁，為各類項目的編纂提供相關服務，配合其他清史編纂部門做好相關工作。圖魯組
根據清史編纂工程的總體安排，全國清史編纂委員會目錄組於2003年2月30日正式成立。
我國古籍有“左畫右史”的傳統，但歷代正史不求入史。將目錄納入清史，是壹大創新。清史目錄資源十分豐富。將歷史遺跡的各種紀實繪畫、照片、影像等放入清史，既能補充文獻解釋的不足，又能使史籍生動活潑，為清史提供可靠的影像見證。
目錄組的工作由朱成儒教授主持，主要在清史目錄的資料收集、體例編纂、人員組織、照片鑒定、制作、編輯、成果審核等方面。檔案組編纂組文獻組
文獻組隸屬於清代全國編譯委員會，是在編譯委員會領導下負責清代文獻整理的常設執行機構。
文獻組以服務為本為基本準則，對清代文獻整理項目進行組織、審核、監督和檢查，確保文獻整理工作的學術性、思想性和編輯質量。
文獻組的具體職責是:調查和掌握清代文獻收集和整理的現狀；在國家清史編纂委員會的指導下，組織協調國內有關單位和專家開展清代文獻的整理工作；組織專家對申報的文件整理項目進行評審並立項；對已立項的文獻項目進行科學管理和監督；組織專家對項目的階段性成果和最終成果進行驗收。
文學組組長現在是中國人民大學人文學院教授陳華博士。出版科
清史編纂委員會出版組成立於2003年4月，是在編委會領導下處理出版事務的常設機構。
其主要工作是進行編委會出版計劃和年度圖書出版計劃的執行和運作，出版圖書，包括聯系出版社，制定出版標準，根據編委會確定的出版風格和質量要求，檢查成品樣書的質量。
出版集團有六位成員:孟超、王俊義、高淑芬、呂、王立新和。孟超是出版集團的現任負責人。網絡數據中心圖書資料中心全國清史編纂領導小組辦公室(清史辦)
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