小腸位於胃的下部，它的上端與胃的幽門相連，下端在大門口與大腸相連。它是消化道最長的部分，形狀是扁平的。小腸的上部是空腸，下部是回腸。空腸和回腸通過脂膜固定在腹腔後壁上。中醫對小腸解剖位置、形態、長度的描述與現代解剖學的認識基本壹致。
小腸的生理功能主要表現為分別清濁，是水谷消化吸收營養的重要場所。
主物質分別為清和濁。“壽生”就是“壽生”的意思。小腸為受盛之官，形容水谷的消化功能，其小腸能承受胃的消化。小腸接收到已經被胃消化的水谷後，經過進壹步的消化和分離，使水谷的精微之氣生化轉化為人體容易吸收的物質。小腸的主要物質是指小腸消化水谷的功能。這種生理功能的特點是清濁。“清”是指含有營養成分的物質。“濁”是指沒有營養成分的物質。單獨清濁的作用大致可分為兩個過程。首先是小腸上段:從胃下行至小腸的水谷，被小腸進壹步消化分離，即水谷的精氣被吸收，通過脾的清化作用，傳遞到五臟。濁者，即水谷和水的殘渣，在降胃氣濁的作用下，繼續下移，傳至小腸下部。其次，是小腸下段:水谷的渣滓傳導至小腸下段，在小腸與大腸交匯處的膈門處，小腸有單獨清濁的功能，使渣滓中的水滲入膀胱，經陰道前部排出，渣滓中的渣滓經大腸排出，經陰道後部排出。綜上所述，小腸的主要物質，分別清濁的功能，主要是指水谷和水谷藥渣中的營養物質是從小腸分化出來的，所以小腸具有消化、吸收、排泄的功能。如果小腸有病，不僅會影響消化吸收的功能，還會出現腹瀉或大便幹燥等異常情況。其次，小腸主液。小腸液主要是指小腸主排尿。小腸在清濁過程中分別對水和液體的代謝起壹定的作用。它的作用主要表現在尿液的形成和大便的水量。因此，小腸是主要的液體。
因為小腸和心臟都是表裏相生的，心火過盛會把熱量傳導到小腸而引起少尿、血尿甚至小便灼熱。小腸中的化合物與脾的升降和三焦的蒸化有關，所以當脾陰不足或三焦陽不足時，就會影響小腸的主要液體功能，導致大便水分過多或過少，從而導致腹瀉或大便幹燥。小腸的功能取決於楊琪的健康和心火的混濁。
(1)手太陽經循行:小腸經稱為手太陽經。手的太陽經起於手小指外側端的少澤穴，沿手背外側至手腕，出尺骨莖突，沿前臂後緣直行，經尺骨鷹嘴與肱骨內上髁之間，沿上臂外側後緣， 從眉間關節繞過肩胛骨，然後在肩膀上遇到脊椎，向下進入盆腔，接觸心臟，沿著食道，穿過膈肌。 它的壹個分支，從缺盆沿頸部向上，穿過面頰，至外眼角，最後入耳，至聽宮穴。它的另壹個分支從面頰上行至眼下顴顱，然後到達鼻，到達內眼角的謎點，與足太陽的膀胱經會合。(見圖)
(2)手太陽經的生理:手太陽經的生理功能主要包括兩畫。壹方面起到運行大腸血氣的作用。因為手太陽發源於小指外側端，在腹部運行時屬於小腸，主要運行小腸的血氣。所以《靈樞經》中有“小腸手握太陽之脈”的說法。另壹方面聯系和滋養小腸及與之密切相關的組織器官。因為手太陽經繞上肢外後側，繞肩胛骨至肩部，從缺盆繞心，屬小腸。它的壹個分支進入耳朵，另壹個分支進入臉頰、鼻子、眼睛、顴部等部位，所以小腸通過手的太陽經絡與耳朵、臉頰、眼睛等體表部位的組織器官相連。同時，這些組織和器官都需要通過手太陽經絡運行的氣血來滋潤和滋養它們，以維持其正常的生理功能。如果手太陽經的經絡氣異常，就會影響小腸及其相關組織。比如小腸和心臟在表裏，手和太陽的經絡都是盛熱的，所以熱會移至心臟，心臟會在背部開竅，導致口唇舌生瘡。手太陽經運動受阻，會導致肩、臂、上肢側背疼痛。
總之，手太陽經屬於小腸，它主要運行小腸的血氣。它是小腸與其他組織和器官之間的溝通和營養供應的途徑。但它也必須依靠小腸的血氣滋養，才能發揮正常的生理功能。