第二十四條資助經費的核算必須納入單位會計制度，專款專用，單獨核算，並完整保留與資助項目有關的會計資料。出版基金全額資助項目後，項目資金余額應返還給基金辦。
第二十五條有下列變更事項之壹的，項目承擔機構應當提出書面申請，經主管單位審核後，報基金委批準。在資助項目變更審批期間，基金辦暫停撥款。
1.變更項目承擔單位。
2.更改已批準的資助項目的名稱。
3.改變資助項目的發表形式。
4.受資助項目的內容有重大變化。
5.受資助項目延期完成。
6.資助項目的終止。
7.其他需要批準的重大變更。
除上述需審批的事項外，其他變更需報基金委備案。
第二十六條跨年度資助項目實行年檢制度。主管單位負責資助項目的年檢。
1.基金資助項目的承擔機構應根據項目計劃執行情況和下壹年度實施計劃，填寫《國家出版基金資助項目年度檢查表》，在規定時間內提交主管單位審核。
2.主管單位應根據本辦法和《國家出版基金資助項目協議》，對資助項目的實施和資金使用情況進行評審，並提交評審意見(進展情況、存在問題及解決辦法等))所轄出版機構(或本部門、本系統)承擔的資助項目連同《國家出版基金資助項目年度清單》於每年3月31日前報送基金辦。
第二十七條資助項目實行驗收制度。竣工驗收工作由基金辦或基金辦委托的主管單位組織。收尾項目驗收的工作程序是:
1.基金資助項目完成後，項目承擔機構應向主管部門提交《國家出版基金資助項目完成申請書》和基金資助項目成果3份，進行項目完成驗收。
2.主管單位應在收到項目驗收申請後10個工作日內，向基金辦提交國家出版基金資助項目驗收申請書壹式兩份、項目成果壹式兩份、項目驗收函壹份。
3.基金辦在收到主管機關的受理函後10個工作日內，將受理組織形式(委托主管機關受理或直接組織受理)告知主管機關。
4.基金辦或主管單位應組成驗收專家組，根據本辦法和《國家出版基金資助項目協議》對資助項目成果進行檢查、評估和驗收，並出具專家組驗收報告。
5.主管單位應在組織驗收工作結束後15個工作日內，向基金辦提交專家組驗收報告、不合格項目專題報告等相關材料。
6.合格項目經基金辦審核並報基金委批準後，基金辦將發出結題通知。
不合格項目由基金辦按照本辦法第二十九條的規定進行處理。