目前，博物館網站上出現的中國國寶或重要文化財產等文物共計143件。只有少部分文物標註為有人捐贈，大部分都沒有標註出處，讓人難免對其出處充滿懷疑。館內收藏有馬援的《洞內渡水》、《寒江獨釣》、梁凱的《雪景》、《李白興的歌聲》、《六祖剪竹》、李迪的《紅白蓮》等。
此外，中國的文化瑰寶在日本各地的博物館中數不勝數。日本1000多家公立和私立博物館幾乎都有中國的藏品，數量應該在幾十萬。東晉著名書法家、“書聖”王羲之的書法，在日本千百年來韻味無窮。王羲之的《悼帖》在唐代傳入日本，或由鑒真僧人東渡時帶到日本。現在由日本皇室保管，被認為是王羲之唯壹的真跡。就甲骨碎片而言，日本是收藏最多的國家。在中國流失海外的近3萬件甲骨中，日本收藏的有近654.38+0.3萬件。
中國搶救流失海外文物專項基金副總幹事牛險峰透露，在1945之前的50年裏，日軍對中國文物的掠奪是有計劃的戰略行為。比如很多參與“滿鐵”建設的日本人的真實身份其實是歷史、文化、考古方面的學者。他們以考察當地地理條件為由，對中國的文物古跡進行了徹底的考察。
據統計，從1931年到1945年抗日戰爭結束，日軍掠奪了1879箱文化財產和至少360萬件文物。在日本皇宮的吹禦花園南端，有壹個名為“禦所”的建築群，包括五棟建築，是收藏戰利品的地方。但由於位於日本皇宮內，日本宮內廳壹直嚴禁任何外人進入，並以國家財產為由拒絕向公眾展示。