1908年，精通漢學的法國考古學家伯希和在得知莫高窟發現了古代手稿後，立即從迪化趕到敦煌。他在洞中挑選了三個星期，以六百兩銀子為代價，終於獲得了10000多件敦煌文獻，其中大部分後來被收藏在法國國家圖書館。
65438年至0909年，伯希和向北京的壹些學者展示了壹些珍貴的敦煌書籍，立即引起了學術界的關註。他們上書清部，要求甘肅、敦煌地方政府立即查對藏經洞的文件，運回北京。清廷任命甘肅使何為護衛。但是在清點之前，王已經將壹些文物藏了起來，而且很多都在途中丟失了。
莫高窟內部
到北京後，何和他的親戚朋友自己抓了壹些。因此，在1900中發現的5萬多份文件中，只有8757份留在了史靜圖書館，這些文件現在保存在中國國家圖書館。
壹些在中國民間流失的敦煌文獻後來被藏家轉賣給日本藏家，也有壹部分歸南京國立中央圖書館所有，但更多的很難找到。王所藏手稿分別於1911和1912年賣給日本探險家吉川光壹郎和立花醉鄉。1914年，俄羅斯佛教徒奧爾登堡發掘了疏散藏經洞，獲得了壹萬多件文物，現藏於俄羅斯科學院東方學研究所。
近代以來，除了藏經洞文物被瓜分，敦煌壁畫和造像也遭受巨大損失。目前所有唐宋時期的壁畫都已經不在敦煌了。1923年抵達的哈佛大學的佩利奧特和蘭登·沃納先後用膠帶粘貼了大量有價值的壁畫，有時甚至只揭開了壁畫中的壹小塊圖像，嚴重破壞了壁畫的完整性。王還毀壞了的許多壁畫，以開辟壹些洞窟。1922年，莫高窟曾經關押過數百名俄國沙皇士兵，他們在洞穴裏煙霧繚繞，造成了很大的破壞。1940年，張大千在這裏畫壁畫時，發現有的壁畫有內外兩層，就把外層去掉觀看內層。這種做法後來引起了爭議，直到現在仍有爭議。從1940年到1942年，中國畫家張大千曾兩次前往敦煌莫高窟臨摹壁畫，在那裏逗留的總時間約為壹年，期間發生了壁畫的剝落。敦煌研究院展覽中心執行主任羅華清指出，張大千剝離的壁畫約有30幅。莫高窟第130窟是敦煌最具代表性的石窟之壹，窟內26米高的佛像是敦煌第二大佛像。張大千的剝壁畫位於入口隧道。據介紹，他先剝了壹層的西夏壁畫，再剝了二層的晚唐壁畫。現在人們只能看到唐代壁畫的底部，而唐代壁畫由於之前的覆蓋增加了土壤的附著力，已經被刮得面目全非。在隧道的墻壁上，他清晰地留下了自己剝落的畫作的橫截面。據記載，修建這個石窟耗時29年，平均壹年挖掘壹米，張大千在短時間內對其進行了大幅改進。他揭去壁畫的典型石窟有108窟和454窟。