首先，燒毀。《四庫全書》共有3461冊，7.9萬卷，近7.7億字。在編禁燒圖書3000余種(估計禁書6766冊、93556冊)，禁書數量超過總收入。這還不算當時聖旨在民間造成的恐怖氣氛，以及民間偷偷焚燒的書籍。恐怕總共要銷毀壹萬多本書。這真是壹場前所未有的文化大災難。
第二，修剪。僅舉幾個例子，據黃裳先生考證，乾隆四十壹年的聖旨:書中如有只需刪字，不必廢全書；乾隆四十四年，禁網已註意到地方誌；乾隆四十五年後，他的註意力擴展到野史詩、戲本、小說等通俗文學領域；到乾隆五十年後，在《明末大事記》中由“吳三桂殺李自成”改為“清軍殺李自成”。
第三，篡改。魯迅先生曾說:“清人篡奪《四庫全書》，古籍之所以滅亡，是因為他們弄亂了舊體，刪了原文。”(《病後雜談》)不僅明朝與清朝統治者利益息息相關的作品被大力清除，宋朝也是如此。比如嶽飛《滿江紅》中的名句，改成了“餓著吃肉，笑著喝匈奴的血”，因為“路虎”和“匈奴”在清朝是禁忌。最可笑的是辛棄疾的《永遠的幸福》:“夕陽下的草樹，平凡的弄堂，人性送奴過日子”，被改成了“人性宋珠曾活過”。“送奴”原是南宋武帝的謚號，與“胡”、“戎”、“夷”、“虜”等禁忌無關，但奴才們怕暴政，怕囂張，所以“自覺”保險起見，應該知道“狗總是跑在前面”。
第四，失誤。在變法期間支持新法的陜西學者李月瑞，在他的筆記《為遣憾之筆》中提到了五營店本《二十四史》。“讀《五英寺二十四史》時，唯校勘史、漢、國誌無罪而細，晉書不及，錯字不可枚舉。”是四庫圖書館掌櫃的疏忽嗎？不是，這是四庫官、內府官員、宦官為了討好皇帝而表演的啞劇——故意留下壹些容易看出來的錯誤，等著喜歡校書的乾隆來標記，然後斥責四庫官“不學無術”，從而“樂此不疲”，覺得自己的學識也在“天下第壹，壹時自由主義學者”的四庫官之上，“不過，我雖然喜歡校對書籍，但偶爾也會看。剛開始我沒有逐字校對，看了很久很累。每份樣稿都是看都不看就提交，需要用大毛筆大本子修改，照原樣打印出來。店員雖知其錯，不敢改日誌。”
從上面可以看出，破壞，刪除，修改，包括留下的大量錯誤，都是故意的。究其原因，還得分析乾隆編輯《四庫全書》的真實意圖。
在費正清的巨著《美國與中國》中，他明確指出了清統治者編纂《四庫全書》的真實意圖:“通過這個龐大的工程，清廷實際上進行了文本盤點(文學上的“宗教審判”)，其目的之壹就是禁止壹切批判外國統治者的著作。編輯們在搜尋善本和全文編入這個大圖書館時，也可以找出所有應該禁止或銷毀的異端著作。正如L.C .古德裏奇所論證的，這是最大的意識形態規則。”