萬密齋原本是壹名學生，但在考試失利後，他決定學醫。因為他家世代以“藥”濟世，醫學有很深的家族淵源，而我又勤於研究和總結臨床經驗，所以他的醫學造詣很深，尤其是在把脈、望色方面。有些疑難病，經過他的診斷，可以很清楚地辯證。尤其是兒科、婦科、內科。在兒科方面，他在家傳十三方面的基礎上總結出了孩子的三個病因，提出了不過度服藥，重在預防的方針，頗有獨到之處。在婦科方面，他闡述了女性的生理病理特點，指出補養氣血、調理脾胃在中醫婦科史上影響深遠。他發明的“萬氏牛清心丸”至今仍是治療小兒急性驚厥的良藥。
萬全治療除了繼承家學，以《內經》、《南》為基礎，精研《脈經》、《本草》，投註仲景、河間、東源、丹溪，還學習《內經》、《婦科》、《兒科》、《養生》。他的醫術越來越好，這在隆慶萬歷年間很有名。行醫遍布羅田、淇水、英山、麻城、黃岡等地，遠至武昌、雲陽，活人甚多。壹切不僅是精湛的醫術，還有非常高尚的醫德。他痛斥庸醫誤導他人，反對巫醫混淆視聽，奉行“老吾老，幼吾幼”的原則，“把人家的兒子當自己的”。他治病不記舊怨，不論貧富都同情勞苦大眾，送醫送藥，深受百姓愛戴。
縣裏、政府、外交部甚至巡撫、地方各級官員經常請他治病。他曾被告知縣裏和外交部給的“儒醫”牌匾。除了臨床實踐，他勤於著述，今天流傳下來的著作大部分是晚年完成的。萬全早年雖棄醫從文，但對儒學的崇拜不減。他多次開辦學校圖書館，教授學生和學徒，從未間斷。他還寫了很多儒家著作，自稱“自學史歷捉百人，各有著述。”可惜他的儒家著作沒有壹部流傳下來。萬全的家庭出身，他很早就理論聯系實際地學習了《內經》和《南經》，並向各個學派學習。他對儒學的深刻認識是他取得醫學成就的重要條件。