1，存在位置不同。這是腳註、尾註和參考文獻最明顯的區別。腳註其實是在每壹頁的底部，對當前頁面的壹些內容進行具體的解釋。尾註是文章末尾對論文部分內容的註釋；參考文獻是論文主要內容的壹部分，也出現在論文的末尾。
2，角色不同。腳註和尾註是註釋的壹種，是對論文內容的補充性添加，以保證讀者在閱讀時能更清楚地理解相關內容；參考文獻是論文的壹部分。通過對參考文獻的討論和分析，進壹步說明了論文的主要內容和觀點。通過對比參考文獻不同或相同的結果，從其他角度分析自己的研究。參考文獻的存在，不僅僅是論文中對他人的引用和討論，還從某個角度表明了作者對當前領域的認識，甚至論文的質量也取決於參考文獻的呈現。很多人把尾註和參考文獻混為壹談，主要是因為它們都在文章的末尾，但其實尾註和參考文獻的作用是有本質區別的。但是兩者的位置確實造成了很多混亂，所以大部分高校和科研院所都沒有要求論文的尾註，只是規定了參考文獻的寫作要求。
3.格式不同。腳註和尾註根據要標註的內容不同，需要不同的格式。除發表期刊論文外，還需在首頁註明第壹作者通訊作者、年齡、職稱、研究方向等信息。此外，腳註和尾註的固定格式沒有固定要求。參考文獻的對比標註要求更多。在學術論文的寫作中，不僅對參考文獻的字體和字號以及出現的形式有嚴格的規定，甚至很多院校和期刊都要求參考文獻需要達到壹定的數量，需要保證壹定比例的中英文論文，以保證論文的學術性。
4.對論文的影響腳註、尾註和參考文獻是論文的壹部分，但由於字數和查重的要求，註釋和參考文獻會對其產生不同的影響。首先，註釋和參考文獻都算論文字數，但在統計論文正文字數時，參考文獻不算論文字數，腳註和尾註算。在查重中，這三個因素影響很大。如果尾註和腳註以固定格式明確標註，則不重復，但如果在原文中引用參考文獻，則重復率會提高。所以在寫論文的時候，需要註意參考文獻的引用方式，盡量不要用原話。