幾十萬年前，菲律賓就有祖先活動，而現在菲律賓居民的祖先大約在壹萬年前才定居菲律賓。
臺灣省的壹些原住民是菲律賓人的後裔。
早在唐朝，漢人就與菲律賓各地有貿易往來。中國歷史記載中提到的呂宋、蘇祿、瑪依、古馬拉等國都在今天的菲律賓境內。在菲律賓，考古發掘甚至發現了3世紀的瓷器。
1390年，米南卡保建立蘇祿蘇丹國，自13世紀從蘇門答臘移民。
從65438年到0450年，阿拉伯商人賽義德·阿布·比爾克爾在菲律賓南部建立了伊斯蘭政權。
1405年(明永樂三年)，鄭和下西洋，遊歷菲律賓群島，許柴老(福建晉江深滬航運集團成員)任呂宋總督，掌管國軍、政治、財政、文化。任職20年，至永樂二十二年(1424)。
中國明朝永樂十五年(1417)，蘇魯王進貢，歸途中死於山東德州。蘇祿王墓建於明朝。