本書所載藥物多為《本草綱目》未收載的民間藥物，或當時其他醫書已有使用。同時還包括壹些進口藥，如金雞納、日本人參、西洋參、鴉片煙、日本精油、香草、臭草、煙草等。
趙學敏還在藥物分類方面進行了創新。他根據《本草綱目》將植物分為草、木、果、谷、菜，還設置了“花部”和“藤部”。
他認為《本草綱目》無藤，藤歸藤不合理。木本藤蔓和草本都是藤蔓，不要混淆。藤應立。他還專註於各種以花聞名的植物。此外，他對“民部”的設立依據十分不滿，所以在作品中刪去了“民部”。
《本草綱目》是研究《本草綱目》和明代以來藥物學發展的壹部非常重要的工具書。它是清代壹部重要的本草著作，標誌著我國藥用動植物學的新發展，受到國內外學者的關註。